Computational Approaches: An Underutilized Tool in the Quest to Elucidate Radical SAM Dynamics.
Computational Approaches: An Underutilized Tool in the Quest to Elucidate Radical SAM Dynamics.
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DOI：
10.3390/molecules26092590
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发表时间：
2021-04-29
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Davis KM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blue TC;Davis KM
酶是生物催化剂，其动力学使其具有反应性。特别是，可视化构象变化在技术上具有挑战性，并且对这些关键的原子运动知之甚少。这对于理解与自由基S-腺苷-L-甲硫氨酸（SAM）超家族相关的功能多样性尤其成问题，SAM超家族的成员共享共同的自由基机制，但最终催化广泛的挑战性反应。计算化学方法为探索这些酶的时间分辨行为提供了一种容易获得的替代方法，而不受实验物流的限制。在这里，我们回顾了应用分子对接，分子动力学，密度泛函理论，以及混合量子力学/分子力学方法来研究这些酶，重点是了解与营业额相关的机械动力学。
Enzymes are biological catalysts whose dynamics enable their reactivity. Visualizing conformational changes, in particular, is technically challenging, and little is known about these crucial atomic motions. This is especially problematic for understanding the functional diversity associated with the radical S-adenosyl-L-methionine (SAM) superfamily whose members share a common radical mechanism but ultimately catalyze a broad range of challenging reactions. Computational chemistry approaches provide a readily accessible alternative to exploring the time-resolved behavior of these enzymes that is not limited by experimental logistics. Here, we review the application of molecular docking, molecular dynamics, and density functional theory, as well as hybrid quantum mechanics/molecular mechanics methods to the study of these enzymes, with a focus on understanding the mechanistic dynamics associated with turnover.
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影响因子：
15
作者：
Bruender NA;Grell TA;Dowling DP;McCarty RM;Drennan CL;Bandarian V
通讯作者：
Bandarian V
DOI：
10.1073/pnas.1703663114
发表时间：
2017-09-26
影响因子：
11.1
作者：
Davis, Katherine M.;Schramma, Kelsey R.;Ando, Nozomi
通讯作者：
Ando, Nozomi
DOI：
10.1002/chem.201604719
发表时间：
2017-01-18
期刊：
Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
影响因子：
--
作者：
Jäger CM;Croft AK
通讯作者：
Croft AK
从赖氨酸完全生物合成遗传编码的氨基酸吡咯赖氨酸。
影响因子：
64.8
作者：
Gaston, Marsha A.;Zhang, Liwen;Green-Church, Kari B.;Krzycki, Joseph A.
通讯作者：
Krzycki, Joseph A.
影响因子：
4.8
作者：
Chakravarti, Arpita;Selvadurai, Kiruthika;Huang, Raven H.
通讯作者：
Huang, Raven H.