Comprehensive targeted next‐generation sequencing approach in the molecular diagnosis of gastrointestinal stromal tumor
Comprehensive targeted next‐generation sequencing approach in the molecular diagnosis of gastrointestinal stromal tumor
复制标题
胃肠道间质瘤分子诊断中的综合靶向二代测序方法
DOI：
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
M. Debiec
中科院分区：
文献类型：
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作者：
I. Vanden Bempt;S. Vander Borght;R. Sciot;L. Spans;S. Claerhout;H. Brems;S. Lehnert;L. Dehaspe;S. Fransis;B. Neuville;B. Topal;P. Schöffski;E. Legius;M. Debiec
突变分析指导晚期胃肠道间质瘤（GIST）患者的治疗决策。我们评估了三种靶向下一代测序 (NGS) 检测方法，这三种方法在我们的实验室连续使用了 4 年多，用于 162 个原发性 GIST 的突变分析：Agilent GIST MASTR、Illumina TruSight 26 和内部开发的 96 基因组。此外，我们还研究了通过添加靶向 RNA 测序（Archer FusionPlex，11 个基因）的更全面方法的可行性，试图减少野生型 GIST 的数量。我们在 162 个 GIST 中的 149 个 (92.0%) 中发现了 KIT 或 PDGFRA 突变。具有挑战性的 KIT 外显子 11 改变最初被 7 个 GIST 中的不同检测所遗漏，通常代表 KIT 内含子 10-外显子 11 边界处的缺失或大插入/缺失（> 24 个碱基对）。综合分析进一步鉴定了 8/162 个 GIST（4.9%）中的驱动基因改变：除了 BRAF 和 SDHA 突变（各 1 例）外，我们发现 5 个 GIST 含有 1 型体细胞神经纤维瘤病（NF1）改变（3.1%），以及 1 个病例具有之前在 GIST 中未报道过的框内 TRIM4-BRAF 融合。最终，162 个 GIST 中有两个 (1.2%) 没有发现驱动程序改变，三个样本 (1.9%) 分析失败。我们的研究表明，全面的靶向 NGS 方法对于 GIST 的常规突变分析是可行的，从而大大减少野生型 GIST 的数量，并强调需要优化具有挑战性的 KIT 外显子 11 改变的检测方法。
Mutational analysis guides therapeutic decision making in patients with advanced‐stage gastrointestinal stromal tumors (GISTs). We evaluated three targeted next‐generation sequencing (NGS) assays, consecutively used over 4 years in our laboratory for mutational analysis of 162 primary GISTs: Agilent GIST MASTR, Illumina TruSight 26 and an in‐house developed 96 gene panels. In addition, we investigated the feasibility of a more comprehensive approach by adding targeted RNA sequencing (Archer FusionPlex, 11 genes) in an attempt to reduce the number of Wild Type GISTs. We found KIT or PDGFRA mutations in 149 out of 162 GISTs (92.0%). Challenging KIT exon 11 alterations were initially missed by different assays in seven GISTs and typically represented deletions at the KIT intron 10‐exon 11 boundary or large insertions/deletions (>24 base pairs). Comprehensive analysis led to the additional identification of driver alterations in 8/162 GISTs (4.9%): apart from BRAF and SDHA mutations (one case each), we found five GISTs harboring somatic neurofibromatosis type 1 (NF1) alterations (3.1%) and one case with an in‐frame TRIM4‐BRAF fusion not reported in GIST before. Eventually, no driver alteration was found in two out of 162 GISTs (1.2%) and three samples (1.9%) failed analysis. Our study shows that a comprehensive targeted NGS approach is feasible for routine mutational analysis of GIST, thereby substantially reducing the number of Wild Type GISTs, and highlights the need to optimize assays for challenging KIT exon 11 alterations.
DOI：
10.1056/nejmoa1605943
发表时间：
2016-12-29
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Dombi E;Baldwin A;Marcus LJ;Fisher MJ;Weiss B;Kim A;Whitcomb P;Martin S;Aschbacher-Smith LE;Rizvi TA;Wu J;Ershler R;Wolters P;Therrien J;Glod J;Belasco JB;Schorry E;Brofferio A;Starosta AJ;Gillespie A;Doyle AL;Ratner N;Widemann BC
通讯作者：
Widemann BC
DOI：
--
发表时间：
2003-08
期刊：
Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
影响因子：
--
作者：
C. Antonescu;G. Sommer;Lisa Sarran;Sylvia J. Tschernyavsky;E. Riedel;J. Woodruff;M. Robson;R. Maki-R.-Ma
通讯作者：
C. Antonescu;G. Sommer;Lisa Sarran;Sylvia J. Tschernyavsky;E. Riedel;J. Woodruff;M. Robson;R. Maki-R.-Ma
影响因子：
7
作者：
McKenna, Aaron;Hanna, Matthew;DePristo, Mark A.
通讯作者：
DePristo, Mark A.