Automated reconstruction of whole-genome phylogenies from short-sequence reads.
Automated reconstruction of whole-genome phylogenies from short-sequence reads.
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DOI：
10.1093/molbev/msu088
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发表时间：
2014-05
影响因子：
10.7
通讯作者：
van Nimwegen E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bertels F;Silander OK;Pachkov M;Rainey PB;van Nimwegen E
微生物进化动力学的研究正在被负担得起的高通量测序技术所改变，这种技术可以在一项研究中对数百个相关类群进行全基因组测序。重建这些类群的系统发育树通常是任何进化分析的关键步骤。许多最近的研究不是构建所有分类群的基因组组装体，注释这些组装体，并比对直向同源基因，而是1）直接将原始测序读数映射到单个参考序列，2）提取单核苷酸多态性（SNP），以及3）使用最大似然方法从比对的SNP位置推断系统发育树。然而，在这里，我们表明，当使用这样的方法来重建从模拟序列集，排除非多态性的位置和一个单一的参考基因组的比对，引入系统性的偏见和错误的同源性重建。为了解决这些问题，我们开发了一种新的方法，该方法结合了从映射到多个参考序列的比对，并表明这成功地消除了重建的同源性的偏差。我们将此方法作为一个名为REALPHY（基于参考序列比对的系统发育构建器）的Web服务器来实现，该服务器可以完全自动化原始测序读数的系统发育重建。
Studies of microbial evolutionary dynamics are being transformed by the availability of affordable high-throughput sequencing technologies, which allow whole-genome sequencing of hundreds of related taxa in a single study. Reconstructing a phylogenetic tree of these taxa is generally a crucial step in any evolutionary analysis. Instead of constructing genome assemblies for all taxa, annotating these assemblies, and aligning orthologous genes, many recent studies 1) directly map raw sequencing reads to a single reference sequence, 2) extract single nucleotide polymorphisms (SNPs), and 3) infer the phylogenetic tree using maximum likelihood methods from the aligned SNP positions. However, here we show that, when using such methods to reconstruct phylogenies from sets of simulated sequences, both the exclusion of nonpolymorphic positions and the alignment to a single reference genome, introduce systematic biases and errors in phylogeny reconstruction. To address these problems, we developed a new method that combines alignments from mappings to multiple reference sequences and show that this successfully removes biases from the reconstructed phylogenies. We implemented this method as a web server named REALPHY (Reference sequence Alignment-based Phylogeny builder), which fully automates phylogenetic reconstruction from raw sequencing reads.
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影响因子：
14.9
作者：
Nakamura K;Oshima T;Morimoto T;Ikeda S;Yoshikawa H;Shiwa Y;Ishikawa S;Linak MC;Hirai A;Takahashi H;Altaf-Ul-Amin M;Ogasawara N;Kanaya S
通讯作者：
Kanaya S
影响因子：
6.7
作者：
McCann HC;Rikkerink EH;Bertels F;Fiers M;Lu A;Rees-George J;Andersen MT;Gleave AP;Haubold B;Wohlers MW;Guttman DS;Wang PW;Straub C;Vanneste JL;Rainey PB;Templeton MD
通讯作者：
Templeton MD
影响因子：
6.7
作者：
Baltrus DA;Nishimura MT;Romanchuk A;Chang JH;Mukhtar MS;Cherkis K;Roach J;Grant SR;Jones CD;Dangl JL
通讯作者：
Dangl JL
影响因子：
4.4
作者：
Ishii, S;Ksoll, WB;Sadowsky, MJ
通讯作者：
Sadowsky, MJ
DOI：
10.1073/pnas.1015622108
发表时间：
2011-04-26
影响因子：
11.1
作者：
Luo, Chengwei;Walk, Seth T.;Konstantinidis, Konstantinos T.
通讯作者：
Konstantinidis, Konstantinos T.