A molecular ruler for measuring quantitative distance distributions.
A molecular ruler for measuring quantitative distance distributions.
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用于测量定量距离分布的分子标尺。
DOI：
10.1371/journal.pone.0003229
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Harbury, Pehr A. B.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mathew-Fenn, Rebecca S.;Das, Rhiju;Silverman, Joshua A.;Walker, Peter A.;Harbury, Pehr A. B.
我们报告了一种新的分子尺子测量的距离和距离分布与准确的外部校准。使用溶液X-射线散射，我们确定了两个金荧光探针之间的散射干扰连接的网站，具体到一个大分子的利益。干涉图案的傅立叶变换提供了探针质心之间的距离的与模型无关的概率分布。为了测试这种方法，我们测量了各种DNA结构的端到端距离。我们证明了独立制备的样品和使用不同的X射线源的测量是高度可重复的，我们证明了距离分布的一阶矩和二阶矩的定量准确性，我们证明了该技术恢复复杂的分布形状。用溶液散射干涉尺测量的距离与相应的晶体学值相匹配，但与之前用替代尺技术测量的距离不同。X射线散射干涉尺应该是一个强有力的工具，有关晶体结构的解决方案的结构和研究分子的波动。
We report a novel molecular ruler for measurement of distances and distance distributions with accurate external calibration. Using solution X-ray scattering we determine the scattering interference between two gold nanocrystal probes attached site-specifically to a macromolecule of interest. Fourier transformation of the interference pattern provides a model-independent probability distribution for the distances between the probe centers-of-mass. To test the approach, we measure end-to-end distances for a variety of DNA structures. We demonstrate that measurements with independently prepared samples and using different X-ray sources are highly reproducible, we demonstrate the quantitative accuracy of the first and second moments of the distance distributions, and we demonstrate that the technique recovers complex distribution shapes. Distances measured with the solution scattering-interference ruler match the corresponding crystallographic values, but differ from distances measured previously with alternate ruler techniques. The X-ray scattering interference ruler should be a powerful tool for relating crystal structures to solution structures and for studying molecular fluctuations.
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影响因子：
14.9
作者：
Cai Q;Kusnetzow AK;Hubbell WL;Haworth IS;Gacho GP;Van Eps N;Hideg K;Chambers EJ;Qin PZ
通讯作者：
Qin PZ
影响因子：
6.1
作者：
Konarev, PV;Volkov, VV;Svergun, DI
通讯作者：
Svergun, DI
影响因子：
15
作者：
Ackerson, CJ;Jadzinsky, PD;Kornberg, RD
通讯作者：
Kornberg, RD
DOI：
10.1073/pnas.0508584102
发表时间：
2005-11-29
影响因子：
11.1
作者：
Laurence, TA;Kong, XX;Weiss, S
通讯作者：
Weiss, S
影响因子：
3.4
作者：
MIAKELYE, RC;DONIACH, S;HODGSON, KO
通讯作者：
HODGSON, KO