NextClip: an analysis and read preparation tool for Nextera Long Mate Pair libraries.
NextClip: an analysis and read preparation tool for Nextera Long Mate Pair libraries.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt702
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发表时间：
2014-02-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Caccamo M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Leggett RM;Clavijo BJ;Clissold L;Clark MD;Caccamo M
摘要：Illumina最近发布的Nextera Long Mate Pair（LMP）试剂盒能够生产高达12 kb的跳跃文库。LMP库是进行复杂组装和其他下游生物信息学分析（如结构变体表征）的宝贵资源。然而，LMP文库本质上是有噪声的，并且为了使其价值最大化，需要测序后数据分析。标准化实验室方案和选择测序读数用于下游分析是重要的任务。NextClip是一款用于分析LMP文库中的读段、生成全面的质量报告并提取高质量的修剪和重复数据删除的读段的工具。可用性和实施：源代码、用户指南和示例数据可从https://github.com/richardmleggett/nextclip/获得。联系人：Richard. tgac.ac.uk补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Summary: Illumina’s recently released Nextera Long Mate Pair (LMP) kit enables production of jumping libraries of up to 12 kb. The LMP libraries are an invaluable resource for carrying out complex assemblies and other downstream bioinformatics analyses such as the characterization of structural variants. However, LMP libraries are intrinsically noisy and to maximize their value, post-sequencing data analysis is required. Standardizing laboratory protocols and the selection of sequenced reads for downstream analysis are non-trivial tasks. NextClip is a tool for analyzing reads from LMP libraries, generating a comprehensive quality report and extracting good quality trimmed and deduplicated reads. Availability and implementation: Source code, user guide and example data are available from https://github.com/richardmleggett/nextclip/. Contact: Richard.Leggett@tgac.ac.uk Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
4.4
作者：
Marine, Rachel;Polson, Shawn W.;Wommack, K. Eric
通讯作者：
Wommack, K. Eric
影响因子：
7
作者：
Simpson, Jared T.;Wong, Kim;Birol, Inanc
通讯作者：
Birol, Inanc
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp324
发表时间：
2009-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Durbin R
通讯作者：
Durbin R
影响因子：
4.4
作者：
Quail MA;Smith M;Coupland P;Otto TD;Harris SR;Connor TR;Bertoni A;Swerdlow HP;Gu Y
通讯作者：
Gu Y