Molecular dynamics simulations and drug discovery.
Molecular dynamics simulations and drug discovery.
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DOI：
10.1186/1741-7007-9-71
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发表时间：
2011-10-28
期刊：
影响因子：
5.4
通讯作者：
McCammon JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Durrant JD;McCammon JA
本文综述了大分子（如蛋白质）受体及其相关小分子配体的原子计算机模拟在药物发现中的作用，包括识别隐蔽或变构结合位点，增强传统的虚拟筛选方法，以及直接预测小分子结合能。目前的模拟方法的局限性，包括高计算成本和近似所需的分子力，也进行了讨论。随着计算机能力和算法设计的不断提高，计算机辅助药物设计的未来是充满希望的，分子动力学模拟可能会发挥越来越重要的作用。
This review discusses the many roles atomistic computer simulations of macromolecular (for example, protein) receptors and their associated small-molecule ligands can play in drug discovery, including the identification of cryptic or allosteric binding sites, the enhancement of traditional virtual-screening methodologies, and the direct prediction of small-molecule binding energies. The limitations of current simulation methodologies, including the high computational costs and approximations of molecular forces required, are also discussed. With constant improvements in both computer power and algorithm design, the future of computer-aided drug design is promising; molecular dynamics simulations are likely to play an increasingly important role.
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DOI：
10.1088/0953-8984/21/33/333102
发表时间：
2009-08-19
期刊：
Journal of physics. Condensed matter : an Institute of Physics journal
影响因子：
--
作者：
Cieplak P;Dupradeau FY;Duan Y;Wang J
通讯作者：
Wang J
影响因子：
7.3
作者：
Durrant, Jacob D.;Urbaniak, Michael D.;McCammon, J. Andrew
通讯作者：
McCammon, J. Andrew
影响因子：
3
作者：
BROOKS, BR;BRUCCOLERI, RE;KARPLUS, M
通讯作者：
KARPLUS, M
影响因子：
4.3
作者：
Hong, G.;Cornish, A. J.;Pachter, R.
通讯作者：
Pachter, R.
影响因子：
2.1
作者：
Chipot, C;Pearlman, DA
通讯作者：
Pearlman, DA