Robust single-cell discovery of RNA targets of RNA-binding proteins and ribosomes.
Robust single-cell discovery of RNA targets of RNA-binding proteins and ribosomes.
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强大的单细胞发现RNA结合蛋白和核糖体的RNA靶标。
DOI：
10.1038/s41592-021-01128-0
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发表时间：
2021-05
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Yeo GW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brannan KW;Chaim IA;Marina RJ;Yee BA;Kofman ER;Lorenz DA;Jagannatha P;Dong KD;Madrigal AA;Underwood JG;Yeo GW
RNA结合蛋白（RBP）是基因表达和RNA加工的关键调节因子，是基因功能所必需的。然而，单细胞中RBP调节的动力学是未知的。为了解决这一理解上的差距，我们开发了STAMP（通过APOBEC介导的分析来测量目标），它可以有效地检测RBP-RNA相互作用。STAMP不依赖于UV交联或免疫沉淀，并且当与单细胞捕获结合时，可以在单个合并实验中鉴定多种RBP和细胞类型的RBP和细胞类型特异性RNA-蛋白质相互作用。将STAMP与长读段测序配对以同种型特异性方式产生RBP靶位点。最后，Ribo-STAMP利用小核糖体亚基来测量单细胞中转录组范围的核糖体缔合。STAMP使RBP-RNA相互作用组和翻译景观的研究具有前所未有的细胞分辨率。
RNA binding proteins (RBPs) are critical regulators of gene expression and RNA processing that are required for gene function. Yet, the dynamics of RBP regulation in single cells is unknown. To address this gap in understanding, we developed STAMP (Surveying Targets by APOBEC Mediated Profiling), which efficiently detects RBP-RNA interactions. STAMP does not rely on UV-crosslinking or immunoprecipitation and, when coupled with single-cell capture, can identify RBP- and cell type-specific RNA-protein interactions for multiple RBPs and cell types in single, pooled experiments. Pairing STAMP with long-read sequencing yields RBP target sites in an isoform-specific manner. Finally, Ribo-STAMP leverages small ribosomal subunits to measure transcriptome-wide ribosome association in single cells. STAMP enables the study of RBP-RNA interactomes and translational landscapes with unprecedented cellular resolution.
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Rothstein JD
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发表时间：
2020-09-22
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