Side-chain pairing preferences in the parallel coiled-coil dimer motif: insight on ion pairing between core and flanking sites.
Side-chain pairing preferences in the parallel coiled-coil dimer motif: insight on ion pairing between core and flanking sites.
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平行卷曲螺旋二聚体基序中的侧链配对偏好：对核心和侧翼位点之间离子配对的见解。
DOI：
10.1021/ja100080q
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发表时间：
2010
影响因子：
15
通讯作者：
Gellman,SamuelH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Steinkruger,JayD;Woolfson,DerekN;Gellman,SamuelH
描述了一种快速评估平行卷曲螺旋基序中序列稳定性关系的新策略。实验设计依赖于硫醇-硫酯交换平衡，这是一种特别适合于检查异二聚体系统的方法。我们的模型系统已被基准测试，证明它可以定量再现先前报道的interhelicala-a ′侧链配对偏好的卷曲螺旋界面的趋势。这种新工具已被用于探索一个螺旋上的核心位置和另一个螺旋上的侧翼位置（a-g ′）之间的库仑相互作用的作用。迄今为止，这种类型的螺旋间接触受到的关注相对较少。我们的研究结果表明，这种相互作用可以影响卷曲螺旋伴侣的偏好。
A new strategy for rapid evaluation of sequence−stability relationships in the parallel coiled-coil motif is described. The experimental design relies upon thiol−thioester exchange equilibria, an approach that is particularly well suited to examination of heterodimeric systems. Our model system has been benchmarked by demonstrating that it can quantitatively reproduce previously reported trends in interhelicala−a′side-chain pairing preferences at the coiled-coil interface. This new tool has been used to explore the role of Coulombic interactions between a core position on one helix and a flanking position on the other helix (a−g′). This type of interhelical contact has received relatively little attention to date. Our results indicate that such interactions can influence coiled-coil partner preferences.
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D. L. McClain;D. G. Gurnon;M. G. Oakley