SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis.
SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis.
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DOI：
10.1186/s13059-017-1382-0
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发表时间：
2018-02-06
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Theis FJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wolf FA;Angerer P;Theis FJ
Scanpy是一个可扩展的工具包，用于分析单细胞基因表达数据。它包括预处理，可视化，聚类，伪时间和轨迹推断，差异表达测试和基因调控网络模拟的方法。它基于Python的实现有效地处理了超过一百万个单元的数据集（https：//github.com/theislab/Scanpy）。沿着Scanpy，我们介绍了AnnData，一个用于处理带注释的数据矩阵的通用类（https：//github.com/theislab/anndata）。
Scanpy is a scalable toolkit for analyzing single-cell gene expression data. It includes methods for preprocessing, visualization, clustering, pseudotime and trajectory inference, differential expression testing, and simulation of gene regulatory networks. Its Python-based implementation efficiently deals with data sets of more than one million cells (https://github.com/theislab/Scanpy). Along with Scanpy, we present AnnData, a generic class for handling annotated data matrices (https://github.com/theislab/anndata).
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影响因子：
48
作者：
Huber W;Carey VJ;Gentleman R;Anders S;Carlson M;Carvalho BS;Bravo HC;Davis S;Gatto L;Girke T;Gottardo R;Hahne F;Hansen KD;Irizarry RA;Lawrence M;Love MI;MacDonald J;Obenchain V;Oleś AK;Pagès H;Reyes A;Shannon P;Smyth GK;Tenenbaum D;Waldron L;Morgan M
通讯作者：
Morgan M
影响因子：
3
作者：
DeTomaso D;Yosef N
通讯作者：
Yosef N
影响因子：
64.5
作者：
Levine JH;Simonds EF;Bendall SC;Davis KL;Amir el-AD;Tadmor MD;Litvin O;Fienberg HG;Jager A;Zunder ER;Finck R;Gedman AL;Radtke I;Downing JR;Pe'er D;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
影响因子：
5.8
作者：
Angerer, Philipp;Haghverdi, Laleh;Buettner, Florian
通讯作者：
Buettner, Florian
影响因子：
64.5
作者：
Dixit, Atray;Pamas, Oren;Li, Biyu;Chen, Jenny;Fulco, Charles P.;Jerby-Amon, Livnat;Marjanovic, Nemanja D.;Dionne, Danielle;Burks, Tyler;Raychowdhury, Raktima;Adamson, Britt;Norman, Thomas M.;Lander, Eric S.;Weissman, Jonathan S.;Friedman, Nir;Regev, Aviv
通讯作者：
Regev, Aviv