Integrated phylogenomics and fossil data illuminate the evolution of beetles.
Integrated phylogenomics and fossil data illuminate the evolution of beetles.
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DOI：
10.1098/rsos.211771
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发表时间：
2022-03
影响因子：
3.5
通讯作者：
Donoghue PCJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cai C;Tihelka E;Giacomelli M;Lawrence JF;Ślipiński A;Kundrata R;Yamamoto S;Thayer MK;Newton AF;Leschen RAB;Gimmel ML;Lü L;Engel MS;Bouchard P;Huang D;Pisani D;Donoghue PCJ
甲虫是最具生物多样性的动物目，有超过38万种已被描述的物种，可能还有数百万种尚未命名。最近的昆虫基因组研究已经到达相当不一致的拓扑结构和广泛不同的估计分歧日期的主要甲虫分支。在这里，我们使用68个单拷贝核蛋白编码（NPC）基因的数据集，从193个公认的现存家族中抽取129个，以及第一套全面的完全合理的化石校准，以恢复甲虫进化的精细时间尺度。使用系统发育的方法，对抗成分和速率异质性的影响，我们恢复了一个拓扑结构与形态学研究相一致，我们使用，结合其他最近的基因组研究，提出了几个正式的变化，鞘翅目的分类：Scirtiformia和Scirtoidea感新，Clambiformia ser. nov.和Clamboidea sensu nov.，Rhinorhipiformia ser. nov.，广义拟扁蚜新种，原木总科res.，Nosodendroniformia ser. nov.和Staphyliniformia sensu nov.，和Erotyloidea stat。十一月，Nitiduloidea stat. nov.和Cucujoidea sensu nov.，以及超家族以下的变化。我们的分歧时间分析恢复了晚石炭纪起源的鞘翅目，晚古生代起源的所有现代甲虫亚目和三叠纪-侏罗纪起源的大多数现存的家庭，而根本的分歧内甲虫的演化并不符合假设的白垩纪陆地革命。
Beetles constitute the most biodiverse animal order with over 380 000 described species and possibly several million more yet unnamed. Recent phylogenomic studies have arrived at considerably incongruent topologies and widely varying estimates of divergence dates for major beetle clades. Here, we use a dataset of 68 single-copy nuclear protein-coding (NPC) genes sampling 129 out of the 193 recognized extant families as well as the first comprehensive set of fully justified fossil calibrations to recover a refined timescale of beetle evolution. Using phylogenetic methods that counter the effects of compositional and rate heterogeneity, we recover a topology congruent with morphological studies, which we use, combined with other recent phylogenomic studies, to propose several formal changes in the classification of Coleoptera: Scirtiformia and Scirtoidea sensu nov., Clambiformia ser. nov. and Clamboidea sensu nov., Rhinorhipiformia ser. nov., Byrrhoidea sensu nov., Dryopoidea stat. res., Nosodendriformia ser. nov. and Staphyliniformia sensu nov., and Erotyloidea stat. nov., Nitiduloidea stat. nov. and Cucujoidea sensu nov., alongside changes below the superfamily level. Our divergence time analyses recovered a late Carboniferous origin of Coleoptera, a late Palaeozoic origin of all modern beetle suborders and a Triassic–Jurassic origin of most extant families, while fundamental divergences within beetle phylogeny did not coincide with the hypothesis of a Cretaceous Terrestrial Revolution.
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作者：
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通讯作者：
Short, Andrew E. Z.
DOI：
10.1111/nph.15011
发表时间：
2018-04
期刊：
The New phytologist
影响因子：
--
作者：
Barba-Montoya J;Dos Reis M;Schneider H;Donoghue PCJ;Yang Z
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Yang Z
罗夫甲虫亚科 Staphylininae（鞘翅目：Staphylinidae）形态学和分子系统发育的一致性
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作者：
Cai, Chen-Yang;Wang, Yong-Li;Zhou, Yu-Lingzi
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