CCA initiation boxes without unique promoter elements support in vitro transcription by three viral RNA-dependent RNA polymerases.
CCA initiation boxes without unique promoter elements support in vitro transcription by three viral RNA-dependent RNA polymerases.
复制标题
没有独特启动子元件的 CCA 起始盒支持三种病毒 RNA 依赖性 RNA 聚合酶的体外转录。
DOI：
10.1017/s1355838200992410
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发表时间：
2000
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Dreher,TW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yoshinari,S;Nagy,PD;Simon,AE;Dreher,TW
芜菁黄花叶病毒（Turnipyelowmosaicvirus，TMV）的RNA依赖性RNA聚合酶（RNA-dependentRNApolymerase，RdRp）对病毒RNA的体外转录起始的唯一特异性要求是基因组3′端的CCA。我们现在比较了这种RdRp、芜菁皱缩病毒RdRp和Qβ复制酶（一种能够在体外支持完整病毒复制周期的酶）转录含有多个CCA盒但缺乏特定病毒序列的RNA模板的能力。每种酶都能够从这些RNA中的几个CCA盒启动转录，并且这些活性不需要特殊的反应条件。对于不同的RdRps，由包含多个CCA或CCCA重复序列的模板相对于源自天然病毒RNA序列的模板产生的转录产率在2：1和0.1：1之间变化。通过这样的冗余序列控制起始对病毒转录和复制的特异性提出了挑战。我们确定3′-优先起始和对结构呈现的敏感性是两种特异性机制，可以限制潜在CCA起始位点之间的起始。这两种特异性机制在不同程度上被三种RdRps使用。这三种病毒RdRp代表正链RNA病毒RdRp基因组中三个超群中的两个，在缺乏独特启动子的情况下支持大量转录，这一发现表明这种现象在正链病毒中可能很常见。一个框架，认为在没有独特的启动子元件的病毒RNA的复制是可行的。
It has previously been observed that the only specific requirement for transcriptional initiation on viral RNA in vitro by the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) of turnip yellow mosaic virus is the CCA at the 3′ end of the genome. We now compare the abilities of this RdRp, turnip crinkle virus RdRp, and Qβ replicase, an enzyme capable of supporting the complete viral replication cycle in vitro, to transcribe RNA templates containing multiple CCA boxes but lacking specific viral sequences. Each enzyme is able to initiate transcription from several CCA boxes within these RNAs, and no special reaction conditions are required for these activities. The transcriptional yields produced from templates comprised of multiple CCA or CCCA repeats relative to templates derived from native viral RNA sequences vary between 2:1 and 0.1:1 for the different RdRps. Control of initiation by such redundant sequences presents a challenge to the specificity of viral transcription and replication. We identify 3′-preferential initiation and sensitivity to structural presentation as two specificity mechanisms that can limit initiation among potential CCA initiation sites. These two specificity mechanisms are used to different degrees by the three RdRps. The finding that three viral RdRps representing two of the three supergroups within the positive-strand RNA viral RdRp phylogeny support substantial transcription in the absence of unique promoters suggests that this phenomenon may be common among positive-strand viruses. A framework is presented arguing that replication of viral RNA in the absence of unique promoter elements is feasible.
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DOI：
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发表时间：
1997
期刊：
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--
作者：
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通讯作者：
A. Simon
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作者：
C. V. van Rossum;M. L. García;J. Bol
通讯作者：
C. V. van Rossum;M. L. García;J. Bol
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Carpenter, CD;Simon, AE
通讯作者：
Simon, AE
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DOI：
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发表时间：
1983
期刊：
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通讯作者：
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DOI：
10.1006/viro.1997.8621
发表时间：
1997
期刊：
Virology.
影响因子：
--
作者：
Singh,RN;Dreher,TW
通讯作者：
Dreher,TW