Defining CRISPR-Cas9 genome-wide nuclease activities with CIRCLE-seq.
Defining CRISPR-Cas9 genome-wide nuclease activities with CIRCLE-seq.
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定义CRISPR-CAS9全基因组核酸酶活性的活性。
DOI：
10.1038/s41596-018-0055-0
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发表时间：
2018-11
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
Tsai SQ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lazzarotto CR;Nguyen NT;Tang X;Malagon-Lopez J;Guo JA;Aryee MJ;Joung JK;Tsai SQ
通过测序体外报告切割效应的环化 (CIRCLE-seq) 是一种敏感且无偏见的方法，用于通过对核酸酶切割的基因组 DNA 进行选择性测序来定义 CRISPR-Cas9 核酸酶的全基因组活性（在靶和脱靶）。在这里，我们描述了 CIRCLE-seq 的详细实验和分析协议。我们方法的原理是生成具有最少数量游离末端的环化基因组 DNA 文库。使用 CRISPR-Cas9 核糖核蛋白复合物处理高度纯化的基因组 DNA 环，然后将核酸酶线性化的 DNA 片段连接至接头以进行高通量测序。与定义全基因组基因组编辑活性的其他体外方法相比，CIRCLE-seq 的主要优势包括：1) 对核酸酶切割的基因组 DNA 进行测序的高度富集/低背景，可实现低测序深度要求的灵敏检测；2) 配对末端读取可包含单个核酸酶切割位点的完整信息，可用于没有高质量参考基因组的物种。整个方案可在 2 周内完成，其中 3 天用于文库准备。
Circularization for in vitro reporting of cleavage effects by sequencing (CIRCLE-seq) is a sensitive and unbiased method for defining the genome-wide activity (on-target and off-target) of CRISPR-Cas9 nucleases by selective sequencing of nuclease-cleaved genomic DNA. Here we describe a detailed experimental and analytical protocol for CIRCLE-seq. The principle of our method is to generate a library of circularized genomic DNA with minimized numbers of free ends. Highly purified genomic DNA circles are treated with CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein complexes, and nuclease-linearized DNA fragments are then ligated to adapters for high-throughput sequencing. Primary advantages of CIRCLE-seq when compared to other in vitro methods for defining genome-wide genome editing activity include: 1) high enrichment for sequencing nuclease-cleaved genomic DNA/low background enabling sensitive detection with low sequencing depth requirements and 2) paired-end reads can contain complete information on individual nuclease cleavage sites enabling use in species without high-quality reference genomes. The entire protocol can be completed in 2 weeks, with 3 days for library preparation.
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影响因子：
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作者：
通讯作者：
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作者：
Hu J;Meyers RM;Dong J;Panchakshari RA;Alt FW;Frock RL
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Frock RL
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Kleinstiver BP;Tsai SQ;Prew MS;Nguyen NT;Welch MM;Lopez JM;McCaw ZR;Aryee MJ;Joung JK
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Joung JK
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作者：
Tsai, Shengdar Q.;Zheng, Zongli;Nguyen, Nhu T.;Liebers, Matthew;Topkar, Ved V.;Thapar, Vishal;Wyvekens, Nicolas;Khayter, Cyd;Iafrate, A. John;Le, Long P.;Aryee, Martin J.;Joung, J. Keith
通讯作者：
Joung, J. Keith
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作者：
Crosetto, Nicola;Mitra, Abhishek;Silva, Maria Joao;Bienko, Magda;Dojer, Norbert;Wang, Qi;Karaca, Elif;Chiarle, Roberto;Skrzypczak, Magdalena;Ginalski, Krzysztof;Pasero, Philippe;Rowicka, Maga;Dikic, Ivan
通讯作者：
Dikic, Ivan