Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome.
Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome.
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DOI：
10.1038/nbt.1883
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发表时间：
2011-05-15
影响因子：
46.9
通讯作者：
Regev A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Grabherr MG;Haas BJ;Yassour M;Levin JZ;Thompson DA;Amit I;Adiconis X;Fan L;Raychowdhury R;Zeng Q;Chen Z;Mauceli E;Hacohen N;Gnirke A;Rhind N;di Palma F;Birren BW;Nusbaum C;Lindblad-Toh K;Friedman N;Regev A
大规模并行cDNA测序为深入有效地探测转录组开辟了道路。目前用于从此类数据重建转录本的方法通常依赖于将读数与参考基因组比对，因此不适合于具有部分或缺失参考基因组的样品。在这里，我们提出了从头全长转录组重建的Trinity方法，并对来自裂殖酵母、小鼠和粉虱（一种基因组尚未测序的昆虫）的样本进行了评估。Trinity完全重建了数据中存在的大部分转录本，还报告了来自最近复制的基因的选择性剪接异构体和转录本。在所有情况下，Trinity比其他可用的从头转录组组装程序表现更好，并且其灵敏度与依赖于基因组比对的方法相当。我们的方法为任何样品中的转录组重建提供了统一和通用的解决方案，特别是在完全缺乏参考基因组的情况下。
Massively-parallel cDNA sequencing has opened the way to deep and efficient probing of transcriptomes. Current approaches for transcript reconstruction from such data often rely on aligning reads to a reference genome, and are thus unsuitable for samples with a partial or missing reference genome. Here, we present the Trinity methodology for de novo full-length transcriptome reconstruction, and evaluate it on samples from fission yeast, mouse, and whitefly – an insect whose genome has not yet been sequenced. Trinity fully reconstructs a large fraction of the transcripts present in the data, also reporting alternative splice isoforms and transcripts from recently duplicated genes. In all cases, Trinity performs better than other available de novo transcriptome assembly programs, and its sensitivity is comparable to methods relying on genome alignments. Our approach provides a unified and general solution for transcriptome reconstruction in any sample, especially in the complete absence of a reference genome.
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影响因子：
46.9
作者：
Trapnell C;Williams BA;Pertea G;Mortazavi A;Kwan G;van Baren MJ;Salzberg SL;Wold BJ;Pachter L
通讯作者：
Pachter L
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
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SOAP2：改进的超快工具，用于短读对齐
影响因子：
5.8
作者：
Li, Ruiqiang;Yu, Chang;Wang, Jun
通讯作者：
Wang, Jun
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp120
发表时间：
2009-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Trapnell C;Pachter L;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL
影响因子：
5.8
作者：
Birol, Inanc;Jackman, Shaun D.;Jones, Steven J. M.
通讯作者：
Jones, Steven J. M.