ArchSchema: a tool for interactive graphing of related Pfam domain architectures
ArchSchema: a tool for interactive graphing of related Pfam domain architectures
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq119
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发表时间：
2010-05-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Laskowski, Roman A.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Tamuri, Asif U.;Laskowski, Roman A.
ArchSchema是一个Java Web Start应用程序，它生成相关Pfam领域体系结构的动态2D网络。每个节点对应一个不同的架构（显示为一系列彩色框），并指示PDB中是否有任何3D结构信息可用。卫星节点可以显示具有给定结构的蛋白质的UniProt代码或PDB代码。搜索选项允许通过UniProt代码或Pfam域标识符进行搜索，并且可以通过域，生物体或仅选择PDB中的蛋白质来改变结果。
ArchSchema is a Java Web Start application that generates a dynamic 2D network of related Pfam domain architectures. Each node corresponds to a different architecture (shown as a sequence of coloured boxes) and indicates whether any 3D structural information is available in the PDB. Satellite nodes can show either the UniProt codes or the PDB codes of proteins having the given architecture. Search options allow search by UniProt code or Pfam domain identifier, and results can be altered by domain, organism, or by selecting only proteins in the PDB.