MethylPurify: tumor purity deconvolution and differential methylation detection from single tumor DNA methylomes.
MethylPurify: tumor purity deconvolution and differential methylation detection from single tumor DNA methylomes.
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MmethylPurify：从单个肿瘤 DNA 甲基化组中进行肿瘤纯度解卷积和差异甲基化检测
DOI：
10.1186/s13059-014-0419-x
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发表时间：
2014-08-07
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Liu XS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zheng X;Zhao Q;Wu HJ;Li W;Wang H;Meyer CA;Qin QA;Xu H;Zang C;Jiang P;Li F;Hou Y;He J;Wang J;Wang J;Zhang P;Zhang Y;Liu XS
我们提出了一种统计算法，即使用亚硫酸氢盐读数显示不一致甲基化水平的区域，仅从肿瘤样本中推断肿瘤纯度。甲基净化可以从单个肿瘤甲基组样本中识别差异甲基化区域(DMR)，而不需要基因组变异信息或来自其他数据集的先验知识。在对来自癌症和正常细胞系的混合亚硫酸氢盐读数的模拟中，甲基净化法正确地推断了肿瘤纯度，并识别了96%以上的DMRS。从患者数据来看，仅从肿瘤甲基组样本中就可以获得令人满意的DMR调用，并且由于肿瘤的异质性，显示肿瘤与正常对照可能遗漏了DMR。本文的在线版本(doi：10.1186/s13059-0140419-x)包含补充材料，授权用户可以使用。
We propose a statistical algorithm MethylPurify that uses regions with bisulfite reads showing discordant methylation levels to infer tumor purity from tumor samples alone. MethylPurify can identify differentially methylated regions (DMRs) from individual tumor methylome samples, without genomic variation information or prior knowledge from other datasets. In simulations with mixed bisulfite reads from cancer and normal cell lines, MethylPurify correctly inferred tumor purity and identified over 96% of the DMRs. From patient data, MethylPurify gave satisfactory DMR calls from tumor methylome samples alone, and revealed potential missed DMRs by tumor to normal comparison due to tumor heterogeneity. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-014-0419-x) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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