三七叶绿体分子标记的开发与应用研究
三七叶绿体分子标记的开发与应用研究
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DOI：
10.19540/j.cnki.cjcmm.20200104.105
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
刘源
中科院分区：
文献类型：
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作者：
孙嘉苓;韩岩;崔秀明;刘源
该研究采用三七叶绿体全基因组开发分子标记(cpSSR,cpSNP,cpIndel),对来源于云南省9个主要三七产地,共计89份三七个体进行实验验证,以期为后续三七种质资源的评价与筛选提供理论支撑。该研究使用的4个三七叶绿体全基因组下载自NCBI数据库,GenBank编号分别为KJ566590,KP036468,KR021381,KT001509。通过序列比对分析,确定多态性位点(SNP与Indel)30个,其中cpSNP16个,cpIndel14个;并且cpSNP与cpIndel在基因间区的占比远超基因区。开发的cpSSR87~89个,重复单元以三碱基为主,占比70%~71%,二碱基最少,占比7%。根据比对分析结果,开发cpDNA分子标记18个,其中cpSSR引物7个,cpIndel引物6个,cpSNP引物5个。该研究采用MatK与ycf1基因为对照。根据DNA凝胶电泳条带分析结果确认引物cpSSR-5,pgcpir019,pncp08可用于区分9个不同三七栽培居群。通过比较分析序列长度、群体π和平均核苷酸差异数等指标表明cpSSR-5与pgcpir019可用于区分人参属不同物种,但pncp08仅可用于区分三七不同栽培居群。此外,引物pncp-M(基于MatK基因)区分三七栽培居群效果弱于cpSSR-5,pgcpir019,pncp08。