狼疮性肾炎相关基因的共表达网络构建与分析
狼疮性肾炎相关基因的共表达网络构建与分析
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DOI：
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
韦美理
中科院分区：
文献类型：
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作者：
梁钊;林栩;覃卿;杜秀日;唐志明;王晨;韦美理
目的 基于基因表达综合数据库(GEO)挖掘与狼疮性肾炎(LN)相关的潜在基因。.方法 从 GEO 中搜集LN 相关的样本，获得 GSE32591、GSE81622、GSE99967 共 3 个数据集。利用 GEO2Ｒ 平台对这 3 个数据集进行分析，筛选出共同差异基因，并利用在线分析工具 DAVID 完成 GO 富集分析和 KEGG 通路富集分析。将筛选出的共同差异基因导入 STＲING 在线数据库，构建共同差异基因的蛋白-蛋白相互作用网络，利用 Cytoscape 软件进行模块分析并识别枢纽基因。.结果 筛选得到 110 个共同差异基因。GO 富集分析发现这些基因主要参与了防御反应、免疫反应、对病毒的反应、对细菌的反应、对伤害的反应、炎症反应等生物学过程。KEGG 通路富集分析主要包括了系统性红斑狼疮、抗原处理和呈递、补体与凝血级联、ＲIG-I 样受体等信号通路。从最显著基因模块中识别出 10 个枢纽基因:ＲSAD2、OAS1、MX1、ISG15、DDX58、IFIH1、IFI44、IFI44L、IFIT1、IFIT3。.结论 生物信息学分析显示 ＲSAD2、OAS1MX1、ISG15、DDX58、IFIH1、IFI44、IFI44L、IFIT1、IFIT3 可能是与 LN 相关的枢纽基因，为 LN 的机制研究提供了一种全新的思路。