High Fungal Diversity and Abundance Recovered in the Deep-Sea Sediments of the Pacific Ocean
High Fungal Diversity and Abundance Recovered in the Deep-Sea Sediments of the Pacific Ocean
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太平洋深海沉积物中恢复了高度的真菌多样性和丰度
DOI：
10.1007/s00248-014-0448-8
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发表时间：
2014-07
影响因子：
3.6
通讯作者：
Zhu-Hua Luo
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wei Xu;Ka-Lai Pang;Zhu-Hua Luo
关于深海环境中细菌和古菌的存在及其生态意义的知识已得到广泛承认，但真菌等真核微生物的报道很少。本研究调查了太平洋深海沉积物中真菌群落的组成和丰度。在这项研究中，共有1,947个内部转录间隔区（ITS）的真菌rRNA基因克隆的区域，从五个沉积物样品在太平洋（水深从5,017至6,986米）使用三种不同的PCR引物组。分别从真菌通用、子囊菌门和担子菌门特异性克隆文库中鉴定出16、17和15个不同的操作分类单位（OTU）。大部分序列属于子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）的不同类群（25个类群和18个类群）。多重引物法共回收到27种真菌类型，与GenBank中的真菌序列相似性≤ 97%，表明可能存在于深海环境中的新真菌分类群或属于GenBank中未收录的分类群。同时，在太平洋沉积物样品中发现了高拷贝数的真菌LSU rRNA基因（3.52 × 106 ~ 5.23 × 107拷贝/g湿沉积物），表明真菌在深海环境中可能具有重要的生态功能。
Knowledge about the presence and ecological significance of bacteria and archaea in the deep-sea environments has been well recognized, but the eukaryotic microorganisms, such as fungi, have rarely been reported. The present study investigated the composition and abundance of fungal community in the deep-sea sediments of the Pacific Ocean. In this study, a total of 1,947 internal transcribed spacer (ITS) regions of fungal rRNA gene clones were recovered from five sediment samples at the Pacific Ocean (water depths ranging from 5,017 to 6,986 m) using three different PCR primer sets. There were 16, 17, and 15 different operational taxonomic units (OTUs) identified from fungal-universal, Ascomycota-, and Basidiomycota-specific clone libraries, respectively. Majority of the recovered sequences belonged to diverse phylotypes of Ascomycota (25 phylotypes) and Basidiomycota (18 phylotypes). The multiple primer approach totally recovered 27 phylotypes which showed low similarities (≤97 %) with available fungal sequences in the GenBank, suggesting possible new fungal taxa occurring in the deep-sea environments or belonging to taxa not represented in the GenBank. Our results also recovered high fungal LSU rRNA gene copy numbers (3.52 × 106to 5.23 × 107copies/g wet sediment) from the Pacific Ocean sediment samples, suggesting that the fungi might be involved in important ecological functions in the deep-sea environments.
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H. Seliger
DOI：
10.2307/1542808
发表时间：
2000-02
期刊：
The Biological bulletin
影响因子：
--
作者：
M. Pivkin
通讯作者：
M. Pivkin
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作者：
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通讯作者：
RAGHUKUMAR, C