Permissive zones for the centromere-binding protein ParB on the Caulobacter crescentus chromosome
Permissive zones for the centromere-binding protein ParB on the Caulobacter crescentus chromosome
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新月柄杆菌染色体上着丝粒结合蛋白 ParB 的允许区
DOI：
10.1101/172932
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tran N
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Tran N
适当的染色体分离在所有活着的生物体中都是必不可少的。在新月形杆菌中，对PARB-PARS系统的正确分离和细胞活力是必需的。细菌着丝粒样的parSDNA基因座是染色体复制后第一个被分离的基因，parS与PARB蛋白结合，PARB蛋白又与PARB相互作用，将PARB-parS核蛋白复合体分配给每个子细胞。在这里，我们使用活染色质免疫沉淀(CHIP-SEQ)和体外DNA亲和纯化与深度测序(IDAP-SEQ)相结合的方法研究了PARB在Caulbacter染色体上的全基因组分布。我们确认了之前发现的两个∼站点，并发现至少另外三个站点从复制的起始处聚集了8kb的DNA。我们发现CaulbacterParB在parSite处成核，并与∼10kb侧翼的DNA非特异性结合，在左侧染色体臂上形成高阶核蛋白复合体。最后，利用转座子突变结合深度测序(TN-SEQ)，我们确定了围绕原生PARS簇的∼500kb区域，该区域对于第二个PARS簇的插入是耐受的，而不会严重影响细胞的活力。我们的结果表明，双酶切位点的基因组分布是受高度限制的，并且对Caulbacter的染色体分离是至关重要的。
Proper chromosome segregation is essential in all living organisms. InCaulobacter crescentus, the ParA–ParB–parSsystem is required for proper chromosome segregation and cell viability. The bacterial centromere-likeparSDNA locus is the first to be segregated following chromosome replication.parSis bound by ParB protein, which in turn interacts with ParA to partition the ParB-parSnucleoprotein complex to each daughter cell. Here, we investigated the genome-wide distribution of ParB on theCaulobacterchromosome using a combination ofin vivochromatin immunoprecipitation (ChIP-seq) andin vitroDNA affinity purification with deep sequencing (IDAP-seq). We confirmed two previously identifiedparSsites and discovered at least three more sites that cluster ∼8 kb from the origin of replication. We showed thatCaulobacterParB nucleates atparSsites and associates non-specifically with ∼10 kb flanking DNA to form a high-order nucleoprotein complex on the left chromosomal arm. Lastly, using transposon mutagenesis coupled with deep sequencing (Tn-seq), we identified a ∼500 kb region surrounding the nativeparScluster that is tolerable to the insertion of a secondparScluster without severely affecting cell viability. Our results demonstrate that the genomic distribution ofparSsites is highly restricted and is crucial for chromosome segregation inCaulobacter.
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DOI：
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发表时间：
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期刊：
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影响因子：
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作者：
Tung B K Le
通讯作者：
Tung B K Le
影响因子：
3.3
作者：
Ouellette, Scot P.;Gauliard, Emilie;Ladant, Daniel
通讯作者：
Ladant, Daniel
DOI：
10.1073/pnas.120163297
发表时间：
2000-06-06
影响因子：
11.1
作者：
Datsenko, KA;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL
影响因子：
9.3
作者：
Sanchez, Aurore;Cattoni, Diego I.;Bouet, Jean-Yves
通讯作者：
Bouet, Jean-Yves
影响因子：
4.5
作者：
Lagage V;Boccard F;Vallet-Gely I
通讯作者：
Vallet-Gely I