Lipid converter, a framework for lipid manipulations in molecular dynamics simulations.
Lipid converter, a framework for lipid manipulations in molecular dynamics simulations.
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DOI：
10.1007/s00232-014-9705-5
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发表时间：
2014-11
影响因子：
2.4
通讯作者：
Kasson, Peter M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Larsson, Per;Kasson, Peter M.
构建脂质膜和膜蛋白系统进行分子动力学模拟是一个具有挑战性的过程。此外，很少有可用的工具来扩展现有的研究，通过重复模拟使用其他力场和脂质成分。为了促进这一点，我们引入lipidconverter，一个模块化的Python框架，用于在从模拟中获得的坐标文件中交换力场和脂质成分。力场和脂质由简单的文本文件指定，因此可以轻松引入对其他力场和脂质的支持。转换器生成模拟输入文件，可用于新膜的结构松弛。
Construction of lipid membrane and membrane protein systems for molecular dynamics simulations can be a challenging process. In addition, there are few available tools to extend existing studies by repeating simulations using other force fields and lipid compositions. To facilitate this, we introduce lipidconverter, a modular Python framework for exchanging force fields and lipid composition in coordinate files obtained from simulations. Force fields and lipids are specified by simple text files, making it easy to introduce support for additional force fields and lipids. The converter produces simulation input files that can be used for structural relaxation of the new membranes.
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影响因子：
3.3
作者：
Klauda, Jeffery B.;Venable, Richard M.;Freites, J. Alfredo;O'Connor, Joseph W.;Tobias, Douglas J.;Mondragon-Ramirez, Carlos;Vorobyov, Igor;MacKerell, Alexander D., Jr.;Pastor, Richard W.
通讯作者：
Pastor, Richard W.
影响因子：
5.8
作者：
Pronk, Sander;Pall, Szilard;Lindahl, Erik
通讯作者：
Lindahl, Erik
影响因子：
5.5
作者：
Kukol, Andreas
通讯作者：
Kukol, Andreas
影响因子：
5.5
作者：
Hess, Berk
通讯作者：
Hess, Berk
影响因子：
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作者：
Oloo, Eliud O.;Kandt, Christian;Tieleman, D. Peter
通讯作者：
Tieleman, D. Peter