Evaluating Between-Pathway Models with Expression Data
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DOI：
10.1089/cmb.2009.0178
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发表时间：
2010-03-01
影响因子：
1.7
通讯作者：
Slonim, D. K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hescott, B. J.;Leiserson, M. D. M.;Slonim, D. K.
路径间模型是由假定的冗余路径对组成的网络基序。在本文中，我们展示了如何添加另一个高通量来源——基因敲除实验的微阵列基因表达数据——使我们能够识别来自两个BPM途径的基因之间的代偿功能关系。我们从四项不同的研究中评估了bpm的质量，并描述了如何将我们的方法扩展到改进途径。
Between-pathway models (BPMs) are network motifs consisting of pairs of putative redundant pathways. In this article, we show how adding another source of high-throughput data-microarray gene expression data from knockout experiments-allows us to identify a compensatory functional relationship between genes from the two BPM pathways. We evaluate the quality of the BPMs from four different studies, and we describe how our methods might be extended to refine pathways.