Analyzing Pathways Using ASP-Based Approaches
Analyzing Pathways Using ASP-Based Approaches
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使用基于 ASP 的方法分析路径
DOI：
10.1007/978-3-642-28067-2_10
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Katsumi Inoue
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Oliver Ray;Takehide Soh;Katsumi Inoue
本文致力于一系列的研究，其目的是联合收割机结合数值信息与逻辑推理，以找到最可能的状态下的生物系统的各种（实际或假设）的约束。为此，我们建立在一个国家的最先进的方法，采用加权布尔约束表示和生化反应网络的原因。我们的第一个贡献是展示这种现有方法如何无法令人满意地处理包含循环的网络。我们的第二个贡献是定义一个新的方法，正确地处理这种情况下，利用形式主义的答案集编程（ASP）。我们证明了我们的研究结果的意义，以前在文献中研究的两个案例研究。
This paper contributes to a line of research which aims to combine numerical information with logical inference in order to find the most likely states of a biological system under various (actual or hypothetical) constraints. To this end, we build upon a state-of-the-art approach that employs weighted Boolean constraints to represent and reason about biochemical reaction networks. Our first contribution is to show how this existing method fails to deal satisfactorily with networks that contain cycles. Our second contribution is to define a new method which correctly handles such cases by exploiting the formalism of Answer Set Programming (ASP). We demonstrate the significance of our results on two case-studies previously studied in the literature.
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DOI：
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