Identifying and characterizing SCRaMbLEd synthetic yeast using ReSCuES.
Identifying and characterizing SCRaMbLEd synthetic yeast using ReSCuES.
复制标题
使用 ReSCuES 识别和表征 SCRaMbLED 合成酵母。
DOI：
10.1038/s41467-017-00806-y
复制
发表时间：
2018-05-22
影响因子：
16.6
通讯作者：
Dai J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo Z;Wang L;Wang Y;Zhang W;Guo Y;Shen Y;Jiang L;Wu Q;Zhang C;Cai Y;Dai J
Scramble是一种在合成酵母基因组中实现的新型系统，使大规模的染色体重排能够在诱导后产生具有较大基因型多样性的菌株。在这里，我们根据两个辅助营养标记的LOXP介导的开关，使用有效的选择，用有效的选择将炒细胞的记者描述。我们表明，所有随机分离的克隆都包含合成染色体内的重排，表明选择的效率很高。使用救援，我们说明了争夺产生菌株的能力，其对多种应激因素的耐受性，例如乙醇，热和乙酸。此外，通过分析耐受性菌株，我们能够识别ACE2，这是细胞因子后隔膜破坏所需的转录因子，作为乙醇耐受性的负调节剂。总的来说，这项工作不仅建立了一个通用平台，可以通过争夺快速识别感兴趣的菌株，而且还提供了剖析抗药性基本机制的方法。
合成染色体的使用和基于重组酶的争夺系统可以通过大规模的染色体重排实现快速应变演化。在这里，作者提出了救援，该救援人员使用富营营养的标记来快速识别酵母，并重新排列应变工程。
SCRaMbLE is a novel system implemented in the synthetic yeast genome, enabling massive chromosome rearrangements to produce strains with a large genotypic diversity upon induction. Here we describe a reporter of SCRaMbLEd cells using efficient selection, termed ReSCuES, based on a loxP-mediated switch of two auxotrophic markers. We show that all randomly isolated clones contained rearrangements within the synthetic chromosome, demonstrating high efficiency of selection. Using ReSCuES, we illustrate the ability of SCRaMbLE to generate strains with increased tolerance to several stress factors, such as ethanol, heat and acetic acid. Furthermore, by analyzing the tolerant strains, we are able to identify ACE2, a transcription factor required for septum destruction after cytokinesis, as a negative regulator of ethanol tolerance. Collectively, this work not only establishes a generic platform to rapidly identify strains of interest by SCRaMbLE, but also provides methods to dissect the underlying mechanisms of resistance. The use of synthetic chromosomes and the recombinase-based SCRaMbLE system could enable rapid strain evolution through massive chromosome rearrangements. Here the authors present ReSCuES, which uses auxotrophic markers to rapidly identify yeast with rearrangements for strain engineering.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.5
作者：
Hsu PD;Lander ES;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
影响因子：
3.2
作者：
Anderson, Michael J.;Barker, Sarah L.;Measday, Vivien
通讯作者：
Measday, Vivien
影响因子：
56.9
作者：
Jinek, Martin;Chylinski, Krzysztof;Charpentier, Emmanuelle
通讯作者：
Charpentier, Emmanuelle
影响因子：
64.8
作者：
Dymond, Jessica S.;Richardson, Sarah M.;Coombes, Candice E.;Babatz, Timothy;Muller, Heloise;Annaluru, Narayana;Blake, William J.;Schwerzmann, Joy W.;Dai, Junbiao;Lindstrom, Derek L.;Boeke, Annabel C.;Gottschling, Daniel E.;Chandrasegaran, Srinivasan;Bader, Joel S.;Boeke, Jef D.
通讯作者：
Boeke, Jef D.
DOI：
10.1126/science.aac9373
发表时间：
2015-09-04
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Galanie S;Thodey K;Trenchard IJ;Filsinger Interrante M;Smolke CD
通讯作者：
Smolke CD