Quantitative analysis of protein-RNA interactions in fission yeast.
Quantitative analysis of protein-RNA interactions in fission yeast.
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裂变酵母中蛋白质-RNA相互作用的定量分析。
DOI：
10.1016/j.xpro.2022.101373
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发表时间：
2022-06-17
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Helmlinger, Dominique
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Elias-Villalobos, Alberto;Duncan, Caia;Mata, Juan;Helmlinger, Dominique
表征RNA和蛋白质在体内的相互作用是更好地理解生物体如何调节基因表达的关键。在这里，我们描述了一种强大的定量方案，使用RNA免疫沉淀（RIP）在天然环境中测量特定的RNA-蛋白质相互作用。我们提供了一个全面的实验框架，以检测共翻译的相互作用，并详细的定量分析纯化的RNA的PCR和高通量测序。虽然我们在裂变酵母中开发了该协议，但它可以很容易地在其他酵母物种中实施。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参阅。简单而可靠地检测天然环境中的RNA-蛋白质相互作用通过免疫沉淀分离的核糖核蛋白复合物通过PCR或高通量测序对纯化的RNA进行定量分析详细的实验管道来证明共翻译相互作用表征RNA和蛋白质之间的相互作用在体内是更好地理解生物体如何调节基因表达的关键。在这里，我们描述了一个强大的和定量的协议，以测量特定的RNA-蛋白质相互作用在一个自然的情况下，使用RNA免疫沉淀（RIP）。我们提供了一个全面的实验框架，以检测共翻译的相互作用，并详细的定量分析纯化的RNA的PCR和高通量测序。虽然我们在裂变酵母中开发了该协议，但它可以很容易地在其他酵母物种中实施。
Characterizing the interactions between RNAs and proteins in vivo is key to better understand how organisms regulate gene expression. Here, we describe a robust and quantitative protocol to measure specific RNA-protein interactions in a native context using RNA immunoprecipitation (RIP). We provide a comprehensive experimental framework to detect cotranslational interactions and detail the quantitative analysis of purified RNAs by PCR and high-throughput sequencing. Although we developed the protocol in fission yeast, it can be readily implemented in other yeast species. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. Simple and robust detection of RNA-protein interactions in a native context Ribonucleoprotein complex isolated by immunoprecipitation Quantitative analysis of purified RNA by PCR or high-throughput sequencing Detailed experimental pipeline to demonstrate cotranslational interactions Characterizing the interactions between RNAs and proteins in vivo is key to better understand how organisms regulate gene expression. Here we describe a robust and quantitative protocol to measure specific RNA-protein interactions in a native context using RNA immunoprecipitation (RIP). We provide a comprehensive experimental framework to detect cotranslational interactions and detail the quantitative analysis of purified RNAs by PCR and high-throughput sequencing. Although we developed the protocol in fission yeast, it can be readily implemented in other yeast species.
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影响因子：
4.5
作者：
Duncan, Caia D. S.;Mata, Juan
通讯作者：
Mata, Juan
影响因子：
8.8
作者：
Toullec, Damien;Elias-Villalobos, Alberto;Helmlinger, Dominique
通讯作者：
Helmlinger, Dominique
DOI：
10.1007/978-1-4939-7371-2_17
发表时间：
2018-01-01
期刊：
CELLULAR QUIESCENCE: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Bierhoff, Holger
通讯作者：
Bierhoff, Holger
影响因子：
4.8
作者：
Jayaseelan, Sabarinath;Doyle, Francis;Tenenbaum, Scott A.
通讯作者：
Tenenbaum, Scott A.
影响因子：
16.6
作者：
Kamenova, Ivanka;Mukherjee, Pooja;Tora, Laszlo
通讯作者：
Tora, Laszlo