Super Natural II--a database of natural products.
Super Natural II--a database of natural products.
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DOI：
10.1093/nar/gku886
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dunkel M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Banerjee P;Erehman J;Gohlke BO;Wilhelm T;Preissner R;Dunkel M
天然产物在药物发现和开发中发挥着重要作用。许多拓扑药效团模式在天然产物和商业药物之间是共同的。更好地了解天然产物的特定理化和结构特征对于相应的药物开发是重要的。一些天然化合物的百科全书已经组成，但信息仍然分散或不能免费获得。为了应对这些挑战，2006年发布了第一个版本的超自然数据库，其中包含150，000种化合物。在这里，我们提出了一个新的，更新和扩展版本的天然产物数据库，超级天然II（http：//bioinformatics.charite.de/supernatural），包括10326000分子。它提供了所有相应的2D结构，最重要的结构和物理化学性质，预测的170 000种化合物的毒性类别和绝大多数化合物的供应商信息。新版本允许基于模板搜索类似化合物，以及搜索化合物名称，供应商，特定物理性质或任何子结构。Super Natural II还提供了与天然产物的合成和降解相关的途径的信息，以及它们与结构相似的药物及其靶蛋白的作用机制。
Natural products play a significant role in drug discovery and development. Many topological pharmacophore patterns are common between natural products and commercial drugs. A better understanding of the specific physicochemical and structural features of natural products is important for corresponding drug development. Several encyclopedias of natural compounds have been composed, but the information remains scattered or not freely available. The first version of the Supernatural database containing ∼50 000 compounds was published in 2006 to face these challenges. Here we present a new, updated and expanded version of natural product database, Super Natural II (http://bioinformatics.charite.de/supernatural), comprising ∼326 000 molecules. It provides all corresponding 2D structures, the most important structural and physicochemical properties, the predicted toxicity class for ∼170 000 compounds and the vendor information for the vast majority of compounds. The new version allows a template-based search for similar compounds as well as a search for compound names, vendors, specific physical properties or any substructures. Super Natural II also provides information about the pathways associated with synthesis and degradation of the natural products, as well as their mechanism of action with respect to structurally similar drugs and their target proteins.
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DOI：
10.1021/ci00046a009
发表时间：
1985-01-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
LOUB, WD;FARNSWORTH, NR;QUINN, ML
通讯作者：
QUINN, ML
影响因子：
14.9
作者：
Nickel J;Gohlke BO;Erehman J;Banerjee P;Rong WW;Goede A;Dunkel M;Preissner R
通讯作者：
Preissner R
超自然：可搜索的可用天然化合物数据库。
影响因子：
14.9
作者：
Dunkel, Mathias;Fullbeck, Melanie;Neumann, Stefanie;Preissner, Robert
通讯作者：
Preissner, Robert
影响因子：
5.6
作者：
Irwin JJ;Sterling T;Mysinger MM;Bolstad ES;Coleman RG
通讯作者：
Coleman RG
影响因子：
3
作者：
Cragg, Gordon M.;Newman, David J.
通讯作者：
Newman, David J.