Diverse endonucleolytic cleavage sites in the mammalian transcriptome depend upon microRNAs, Drosha, and additional nucleases.
Diverse endonucleolytic cleavage sites in the mammalian transcriptome depend upon microRNAs, Drosha, and additional nucleases.
复制标题
哺乳动物转录组中的多种核酸内切切割位点取决于 microRNA、Drosha 和其他核酸酶。
DOI：
10.1016/j.molcel.2010.06.001
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发表时间：
2010-06-25
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Hannon, Gregory J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Karginov, Fedor V.;Cheloufi, Sihem;Chong, Mark M. W.;Stark, Alexander;Smith, Andrew D.;Hannon, Gregory J.
哺乳动物mRNA的寿命部分是由调节蛋白和小rna引导复合物的结合决定的。Argonaute2的保守内切酶活性需要小RNA与其靶标之间的广泛互补，而不被动物microrna所利用，它们与靶标的配对并不完美。在这里，我们通过在小鼠ES中保留5 ' -磷酸基团的mRNA切割产物的转录组全谱分析来研究Ago2和其他核酸酶的内核分解功能。我们检测到ago2依赖性裂解事件的显著特征，并验证了几个这样的靶标。出乎意料的是，还观察到更广泛的ago2独立切割位点，这表明额外的核酸酶参与了位点特异性mRNA的切割。在本课程中，我们确定了一系列依赖drosha的mRNA切割事件，这些事件在功能上调节mES细胞中的mRNA水平，包括Dgcr8 mRNA中的一个。总之，这些结果强调了在哺乳动物中未被充分认识的核内分裂在控制mRNA命运中的作用。
The lifespan of a mammalian mRNA is determined, in part, by the binding of regulatory proteins and small RNA-guided complexes. The conserved endonuclease activity of Argonaute2 requires extensive complementarity between a small RNA and its target and is not used by animal microRNAs, which pair with their targets imperfectly. Here, we investigate the endonucleolytic function of Ago2 and other nucleases by transcriptome-wide profiling of mRNA cleavage products retaining 5′-phosphate groups in mouse ES. We detect a prominent signature of Ago2-dependent cleavage events and validate several such targets. Unexpectedly, a broader class of Ago2-independent cleavage sites is also observed, indicating participation of additional nucleases in site-specific mRNA cleavage. Within this class, we identify a cohort of Drosha-dependent mRNA cleavage events that functionally regulate mRNA levels in mES cells, including one in the Dgcr8 mRNA. Together, these results highlight the underappreciated role of endonucleolytic cleavage in controlling mRNA fates in mammals.
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影响因子：
11.4
作者：
Elbashir, SM;Martinez, J;Tuschl, T
通讯作者：
Tuschl, T
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通讯作者：
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作者：
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通讯作者：
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp533
发表时间：
2009-11-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Smith AD;Chung WY;Hodges E;Kendall J;Hannon G;Hicks J;Xuan Z;Zhang MQ
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Zhang MQ
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作者：
Shenoy A;Blelloch R
通讯作者：
Blelloch R