A termination-independent role of Rat1 in cotranscriptional splicing.
A termination-independent role of Rat1 in cotranscriptional splicing.
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DOI：
10.1093/nar/gkab339
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发表时间：
2021-06-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ansari A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dhoondia Z;Elewa H;Malik M;Arif Z;Pique-Regi R;Ansari A
Rat 1是芽殖酵母中的一种5′→3′核糖核酸外切酶。它是一种高度保守的蛋白质，其同源物存在于分裂酵母、苍蝇、蠕虫、小鼠和人类中。Rat 1和它的人类同源物Xrn 2参与了多个核过程。在这里，我们报告了Rat 1在mRNA剪接中的新作用。我们观察到大鼠1突变体中未剪接转录物的水平增加。未剪接的转录本的积累不是由于Rat 1在降解未剪接的mRNA中的监视作用，或Rat 1在终止转录或剪接因子在细胞中的水平上的功能的间接作用，或由于Rat 1突变体中的延长率增加。ChIP-Seq分析显示Rat 1与酵母基因的一个子集的内含子交联。质谱和免疫共沉淀显示Rat 1与Clf 1、Isy 1、Yju 2、Prp 43和Sub 2剪接因子的相互作用。此外，招募剪接因子的内含子中受损的Rat 1突变体。基于这些发现，我们提出Rat 1在芽殖酵母中的mRNA剪接中具有新的作用。然而，Rat 1不是一个通用的剪接因子，因为它只与平均长度为400个核苷酸的长内含子交联。
Rat1 is a 5′→3′ exoribonuclease in budding yeast. It is a highly conserved protein with homologs being present in fission yeast, flies, worms, mice and humans. Rat1 and its human homolog Xrn2 have been implicated in multiple nuclear processes. Here we report a novel role of Rat1 in mRNA splicing. We observed an increase in the level of unspliced transcripts in mutants of Rat1. Accumulation of unspliced transcripts was not due to the surveillance role of Rat1 in degrading unspliced mRNA, or an indirect effect of Rat1 function in termination of transcription or on the level of splicing factors in the cell, or due to an increased elongation rate in Rat1 mutants. ChIP-Seq analysis revealed Rat1 crosslinking to the introns of a subset of yeast genes. Mass spectrometry and coimmunoprecipitation revealed an interaction of Rat1 with the Clf1, Isy1, Yju2, Prp43 and Sub2 splicing factors. Furthermore, recruitment of splicing factors on the intron was compromised in the Rat1 mutant. Based on these findings we propose that Rat1 has a novel role in splicing of mRNA in budding yeast. Rat1, however, is not a general splicing factor as it crosslinks to only long introns with an average length of 400 nucleotides.
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DOI：
10.1261/rna.041129.113
发表时间：
2014-04
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jimeno-González S;Schmid M;Malagon F;Haaning LL;Jensen TH
通讯作者：
Jensen TH
DOI：
10.1038/nrm.2017.63
发表时间：
2017-10
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Herzel L;Ottoz DSM;Alpert T;Neugebauer KM
通讯作者：
Neugebauer KM
影响因子：
16
作者：
Jimeno-Gonzalez, Silvia;Haaning, Line Lindegaard;Jensen, Torben Heick
通讯作者：
Jensen, Torben Heick
影响因子：
10.5
作者：
Eaton JD;Davidson L;Bauer DLV;Natsume T;Kanemaki MT;West S
通讯作者：
West S
影响因子：
4.8
作者：
El Kaderi, Belal;Medler, Scott;Ansari, Athar
通讯作者：
Ansari, Athar