Diffusion in crowded biological environments: applications of Brownian dynamics.
Diffusion in crowded biological environments: applications of Brownian dynamics.
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DOI：
10.1186/2046-1682-4-3
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发表时间：
2011-03-02
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Trylska J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Długosz M;Trylska J
生物系统中的生化反应发生在复杂的非均匀介质中，大分子的总浓度在50 - 400。分子种类占据了浸泡介质的重要部分，高达体积的40%。这种复杂和体积占用的环境通常被称为“拥挤”和/或“受限”。在拥挤的条件下，大分子之间的非特异性相互作用可能会阻碍扩散-这是决定代谢，运输和信号传导的主要过程。此外，拥挤的媒体可以改变，定性和定量，在体内的反应相比，他们在体外的同行。本文重点介绍基于粒子的布朗动力学算法的最新发展、它们在拥挤系统中扩散传输模型的应用，以及它们在体内条件下复制和预测大分子行为的能力。
Biochemical reactions in living systems occur in complex, heterogeneous media with total concentrations of macromolecules in the range of 50 - 400 . Molecular species occupy a significant fraction of the immersing medium, up to 40% of volume. Such complex and volume-occupied environments are generally termed 'crowded' and/or 'confined'. In crowded conditions non-specific interactions between macromolecules may hinder diffusion - a major process determining metabolism, transport, and signaling. Also, the crowded media can alter, both qualitatively and quantitatively, the reactions in vivo in comparison with their in vitro counterparts. This review focuses on recent developments in particle-based Brownian dynamics algorithms, their applications to model diffusive transport in crowded systems, and their abilities to reproduce and predict the behavior of macromolecules under in vivo conditions.
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DOI：
10.1039/f29858100591
发表时间：
1985-01-01
期刊：
JOURNAL OF THE CHEMICAL SOCIETY-FARADAY TRANSACTIONS II
影响因子：
--
作者：
DICKINSON, E;ALLISON, SA;MCCAMMON, JA
通讯作者：
MCCAMMON, JA
影响因子：
2.4
作者：
Einstein, A
通讯作者：
Einstein, A
影响因子：
4.4
作者：
Banchio, AJ;Brady, JF
通讯作者：
Brady, JF
影响因子：
2
作者：
de la Torre, JG;Harding, SE;Carrasco, B
通讯作者：
Carrasco, B
影响因子：
1.7
作者：
Ermakova, E;Krushelnitsky, AG;Fedotov, VD
通讯作者：
Fedotov, VD