Transcriptional data: a new gateway to drug repositioning?
Transcriptional data: a new gateway to drug repositioning?
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DOI：
10.1016/j.drudis.2012.07.014
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发表时间：
2013-04
影响因子：
7.4
通讯作者：
Saez-Rodriguez, Julio
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Iorio, Francesco;Rittman, Timothy;Ge, Hong;Menden, Michael;Saez-Rodriguez, Julio
► 每个生物状态都可以用给定的基因表达特征来表示吗？ ► 最近，特征已被用作临床病理表型的代表。 ► 药物-药物/药物-疾病“联系”已通过签名匹配推断出来。 ► 这使得可以预测已批准药物的新申请。 ► 大量公共转录数据已准备好以这种方式被利用。计算生物学的最新进展表明，对细胞转录程序的任何扰动都可以通过适当的“特征”来概括：一组基因与表达模式相结合。因此，应该可以通过 DNA 微阵列技术获得的特征来生成临床病理表型和药物效应的代理。最近通过全基因组指标组装和比较了基因表达特征，通过匹配相应的特征揭示了意想不到的药物与疾病以及药物与药物的“联系”。因此，现有药物的新应用已经被预测和实验验证。在这里，我们描述了相关的方法、案例研究和资源，同时讨论了利用现有微阵列数据存储库的挑战和好处，这些数据存储库可以作为系统药物重新定位的搜索空间。
► Can every biological state be represented by a given gene expression signature? ► Recently, signatures have been used as proxies of clinicopathological phenotypes. ► Drug–drug/drug–disease ‘connections’ have been inferred by signature matching. ► This allowed the prediction of new application for already approved drugs. ► A massive amount of public transcriptional data is ready to be exploited in this way. Recent advances in computational biology suggest that any perturbation to the transcriptional programme of the cell can be summarised by a proper ‘signature’: a set of genes combined with a pattern of expression. Therefore, it should be possible to generate proxies of clinicopathological phenotypes and drug effects through signatures acquired via DNA microarray technology. Gene expression signatures have recently been assembled and compared through genome-wide metrics, unveiling unexpected drug–disease and drug–drug ‘connections’ by matching corresponding signatures. Consequently, novel applications for existing drugs have been predicted and experimentally validated. Here, we describe related methods, case studies and resources while discussing challenges and benefits of exploiting existing repositories of microarray data that could serve as a search space for systematic drug repositioning.
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