A method for validating the accuracy of NMR protein structures
A method for validating the accuracy of NMR protein structures
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验证 NMR 蛋白质结构准确性的方法
DOI：
10.1101/2020.04.20.048777
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Fowler N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fowler N
我们提出了一种测量NMR蛋白质结构准确性的方法。它使用相关性评分（评估二级结构）和RMSD评分（测量整体刚性），将无规卷曲指数[RCI]与通过数学刚性理论预测的局部刚性进行比较，根据NMR结构[FIRST]计算。我们测试其性能使用：在显式溶剂中精制的结构，这比未精制的结构好得多;为89个NMR结构生成的诱饵结构;以及准确性的常规预测因子，如每个残基的约束数、约束违反、结构能量、系综RMSD、Ramachandran分布和clashscore。约束违反和RMSD是准确性的不良措施。NMR与晶体结构的比较表明，二级结构同样准确，但晶体结构通常在环中过于刚性，而NMR结构通常整体过于松软。我们表明，该方法是一个有用的除了现有的措施的准确性。
We present a method that measures the accuracy of NMR protein structures. It compares random coil index [RCI] against local rigidity predicted by mathematical rigidity theory, calculated from NMR structures [FIRST], using a correlation score (which assesses secondary structure), and an RMSD score (which measures overall rigidity). We test its performance using: structures refined in explicit solvent, which are much better than unrefined structures; decoy structures generated for 89 NMR structures; and conventional predictors of accuracy such as number of restraints per residue, restraint violations, energy of structure, ensemble RMSD, Ramachandran distribution, and clashscore. Restraint violations and RMSD are poor measures of accuracy. Comparisons of NMR to crystal structures show that secondary structure is equally accurate, but crystal structures are typically too rigid in loops, whereas NMR structures are typically too floppy overall. We show that the method is a useful addition to existing measures of accuracy.
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影响因子：
2
作者：
Adnan Sljoka;Derek J. Wilson
通讯作者：
Adnan Sljoka;Derek J. Wilson
蛋白质结构或功能或生物信息学基于模板的评估
DOI：
--
发表时间：
--
期刊：
影响因子：
--
作者：
Laurie A. Drabble;Angie R. Wootton;C. Veldhuis;E. Riggle;S. Rostosky;Pamela J. Lannutti;Kimberly F. Balsam;T. Hughes
通讯作者：
T. Hughes
一致。
DOI：
10.1097/iae.0000000000001602
发表时间：
2017
期刊：
Retina (Philadelphia, Pa.)
影响因子：
--
作者：
Todorich,Bozho;Thanos,Aristomenis;Yonekawa,Yoshihiro;Thomas,BenjaminJ;Faia,LisaJ;Chang,Emmanuel;Shulman,Julia;Olsen,KarlR;Blair,MichaelP;Shapiro,MichaelP;Ferrone,Philip;Vajzovic,Lejla;Toth,CynthiaA;Lee,ThomasC;Robinson,
通讯作者：
Robinson,
DOI：
10.1073/pnas.0308315101
发表时间：
2004-04-06
影响因子：
11.1
作者：
Halle, B
通讯作者：
Halle, B
影响因子：
15
作者：
Tamiola, Kamil;Acar, Burcin;Mulder, Frans A. A.
通讯作者：
Mulder, Frans A. A.