RBO Aleph: leveraging novel information sources for protein structure prediction.
RBO Aleph: leveraging novel information sources for protein structure prediction.
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DOI：
10.1093/nar/gkv357
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brock O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mabrouk M;Putz I;Werner T;Schneider M;Neeb M;Bartels P;Brock O
RBO Aleph是一个新的蛋白质结构预测Web服务器，用于基于模板的建模，蛋白质接触预测和从头计算结构预测。该服务器非常重视对模板无法检测到的困难蛋白质目标进行建模。RBO Aleph的独特功能是（i）使用组合的进化和物理化学信息来进行残基-残基接触预测，以及（ii）在构象空间搜索中有效地利用这种接触信息。在最近的蛋白质结构预测实验的关键评估（CASP 11，2014）中，RBO Aleph成为从头开始蛋白质结构预测和接触预测的主要方法之一。除了RBO Aleph主要关注从头建模之外，服务器还提供最先进的基于模板的建模服务。基于模板可用性，RBO Aleph自动在基于模板的建模和基于目标蛋白质序列的从头计算预测之间切换，特别方便非专家用户使用。RBO Aleph Web服务器提供了一系列可视化和数据分析工具，例如预测模型的可视化、预测联系人以及沿着模型主干的估计预测误差。该服务器可在http://compbio.robotics.tu-berlin.de/rbo_aleph/上访问。
RBO Aleph is a novel protein structure prediction web server for template-based modeling, protein contact prediction and ab initio structure prediction. The server has a strong emphasis on modeling difficult protein targets for which templates cannot be detected. RBO Aleph's unique features are (i) the use of combined evolutionary and physicochemical information to perform residue–residue contact prediction and (ii) leveraging this contact information effectively in conformational space search. RBO Aleph emerged as one of the leading approaches to ab initio protein structure prediction and contact prediction during the most recent Critical Assessment of Protein Structure Prediction experiment (CASP11, 2014). In addition to RBO Aleph's main focus on ab initio modeling, the server also provides state-of-the-art template-based modeling services. Based on template availability, RBO Aleph switches automatically between template-based modeling and ab initio prediction based on the target protein sequence, facilitating use especially for non-expert users. The RBO Aleph web server offers a range of tools for visualization and data analysis, such as the visualization of predicted models, predicted contacts and the estimated prediction error along the model's backbone. The server is accessible at http://compbio.robotics.tu-berlin.de/rbo_aleph/.
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结合蛋白质接触预测的物理化学和进化信息。
影响因子：
3.7
作者：
Schneider M;Brock O
通讯作者：
Brock O
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu458
发表时间：
2014-09-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Michel M;Hayat S;Skwark MJ;Sander C;Marks DS;Elofsson A
通讯作者：
Elofsson A
影响因子：
5.8
作者：
Söding, J
通讯作者：
Söding, J
影响因子：
5.8
作者：
Yang, Yuedong;Faraggi, Eshel;Zhou, Yaoqi
通讯作者：
Zhou, Yaoqi
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq058
发表时间：
2010-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Wang Z;Eickholt J;Cheng J
通讯作者：
Cheng J