Thousands of large-scale RNA sequencing experiments yield a comprehensive new human gene list and reveal extensive transcriptional noise
Thousands of large-scale RNA sequencing experiments yield a comprehensive new human gene list and reveal extensive transcriptional noise
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数千次大规模 RNA 测序实验产生了全面的新人类基因列表并揭示了广泛的转录噪音
DOI：
10.1101/332825
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
S. Salzberg
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
M. Perțea;Alaina Shumate;G. Pertea;Ales Varabyou;Yu;Anil K. Madugundu;A. Pandey;S. Salzberg
作为GTEx项目的一部分，我们收集了来自31个人体组织和数百个受试者的9,795个RNA测序实验的序列，以创建一个新的、全面的人类基因和转录本目录。新的人类基因数据库包含43162个基因，其中蛋白质编码基因21306个，非编码基因21856个，共有323824个转录本，平均每个基因有7.5个转录本。与最新的人类基因目录相比，我们扩展的基因列表包括4,998个新基因（1,178个编码基因和3,819个非编码基因）和97,511个蛋白质编码基因的新剪接变体。我们在超过65万个位点检测到超过3000万个额外的转录本，几乎所有这些转录本都可能是无功能的，这揭示了人类细胞中迄今为止未被认识到的转录噪声的数量。
We assembled the sequences from 9,795 RNA sequencing experiments, collected from 31 human tissues and hundreds of subjects as part of the GTEx project, to create a new, comprehensive catalog of human genes and transcripts. The new human gene database contains 43,162 genes, of which 21,306 are protein-coding and 21,856 are noncoding, and a total of 323,824 transcripts, for an average of 7.5 transcripts per gene. Our expanded gene list includes 4,998 novel genes (1,178 coding and 3,819 noncoding) and 97,511 novel splice variants of protein-coding genes as compared to the most recent human gene catalogs. We detected over 30 million additional transcripts at more than 650,000 sites, nearly all of which are likely to be nonfunctional, revealing a heretofore unappreciated amount of transcriptional noise in human cells.
影响因子：
10.5
作者：
Cabili, Moran N.;Trapnell, Cole;Rinn, John L.
通讯作者：
Rinn, John L.
DOI：
--
发表时间：
2015
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
C. Soneson;Michael I. Love;Mark D. Robinson
通讯作者：
C. Soneson;Michael I. Love;Mark D. Robinson
影响因子：
64.8
作者：
Wilhelm, Mathias;Schlegl, Judith;Kuster, Bernhard
通讯作者：
Kuster, Bernhard