De novo enzyme design using Rosetta3.
De novo enzyme design using Rosetta3.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0019230
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Baker D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Richter F;Leaver-Fay A;Khare SD;Bjelic S;Baker D
Rosetta de novo酶设计方案已用于设计用于各种化学反应的酶催化剂，并且原则上可应用于任何感兴趣的任意化学反应。1）选择催化机制和相应的最小模型活性位点，2）鉴定一组支架蛋白中可以实现该最小活性位点的位点，3）优化周围残基的身份以稳定与过渡态和初级催化残基的相互作用，和4）评估和排序所得的设计序列。这个过程的第二阶段到第四阶段可以使用Rosetta软件包进行，而第一阶段需要在外部完成。在这里，我们演示了如何进行罗塞塔酶设计协议从开始到结束详细使用磷酸丙糖异构酶反应的说明。
The Rosetta de novo enzyme design protocol has been used to design enzyme catalysts for a variety of chemical reactions, and in principle can be applied to any arbitrary chemical reaction of interest, The process has four stages: 1) choice of a catalytic mechanism and corresponding minimal model active site, 2) identification of sites in a set of scaffold proteins where this minimal active site can be realized, 3) optimization of the identities of the surrounding residues for stabilizing interactions with the transition state and primary catalytic residues, and 4) evaluation and ranking the resulting designed sequences. Stages two through four of this process can be carried out with the Rosetta package, while stage one needs to be done externally. Here, we demonstrate how to carry out the Rosetta enzyme design protocol from start to end in detail using for illustration the triosephosphate isomerase reaction.
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影响因子：
8
作者：
Sheffler, Will;Baker, David
通讯作者：
Baker, David
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Khersonsky, Olga;Rothlisberger, Daniela;Tawfik, Dan S.
通讯作者：
Tawfik, Dan S.
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Kiss, Gert;Roethlisberger, Daniela;Houk, K. N.
通讯作者：
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Guallar, V;Jacobson, M;Friesner, RA
通讯作者：
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DOI：
10.1073/pnas.0233793100
发表时间：
2003-01-07
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11.1
作者：
Jogl, G;Rozovsky, S;Tong, L
通讯作者：
Tong, L