CAST: A new program package for the accurate characterization of large and flexible molecular systems
CAST: A new program package for the accurate characterization of large and flexible molecular systems
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CAST：用于精确表征大型灵活分子系统的新程序包
DOI：
10.1002/jcc.23687
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发表时间：
2014
影响因子：
3
通讯作者：
B. Engels
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
C. Grebner;J. Becker;D. Weber;D. Bellinger;M. Tafipolski;C. Brückner;B. Engels
提出的程序包，构象分析和搜索工具（CAST）允许大的和灵活的（宏观）分子系统的精确处理。对于热可达最小值的确定，CAST提供了新开发的TabuSearch算法，但也实现了Monte Carlo (MC)， MC with minimization和分子动力学等算法。为了确定反应路径，CAST提供了PathOpt、Nudge Elastic band和伞式采样方法。通过自由能摄动方法可以得到自由能。除了一些标准力场外，还包括了一个新开发的基于对称自适应微扰理论的力场。通过DFTB+和MOPAC接口实现半经验计算。对于基于密度泛函理论的计算，消息传递接口（MPI）接口可用于图形处理单元（GPU）加速TeraChem程序。该计划可应要求提供。©2014 Wiley期刊公司
The presented program package, Conformational Analysis and Search Tool (CAST) allows the accurate treatment of large and flexible (macro) molecular systems. For the determination of thermally accessible minima CAST offers the newly developed TabuSearch algorithm, but algorithms such as Monte Carlo (MC), MC with minimization, and molecular dynamics are implemented as well. For the determination of reaction paths, CAST provides the PathOpt, the Nudge Elastic band, and the umbrella sampling approach. Access to free energies is possible through the free energy perturbation approach. Along with a number of standard force fields, a newly developed symmetry‐adapted perturbation theory‐based force field is included. Semiempirical computations are possible through DFTB+ and MOPAC interfaces. For calculations based on density functional theory, a Message Passing Interface (MPI) interface to the Graphics Processing Unit (GPU)‐accelerated TeraChem program is available. The program is available on request. © 2014 Wiley Periodicals, Inc.
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