The dynamics of molecular evolution over 60,000 generations.
The dynamics of molecular evolution over 60,000 generations.
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DOI：
10.1038/nature24287
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发表时间：
2017-11-02
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Desai MM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Good BH;McDonald MJ;Barrick JE;Lenski RE;Desai MM
进化的结果是由一个随机动力学过程决定的，这个过程控制着突变如何产生并在种群中传播。在这里，我们分析了大肠杆菌的12个实验种群的分子进化动力学，使用全基因组宏基因组测序，以500代为间隔，通过60，000代。尽管适应性增加的速度在下降，但分子进化的特征仍然是快速适应的特征，多个有益的变异体同时在每个种群中竞争优势。生态和进化过程之间的相互作用起着重要的作用，因为在大多数种群中会自发地出现长期的准稳定共存，并且进化在每个分支中继续。我们还提出了新的证据，自然选择的目标随着时间的推移而变化，上位性和历史偶然性改变了不同基因的选择强度。总之，这些结果表明，对恒定环境的长期适应可能是一个比通常假设的更复杂和动态的过程。
The outcomes of evolution are determined by a stochastic dynamical process that governs how mutations arise and spread through a population. Here, we analyze the dynamics of molecular evolution in twelve experimental populations of Escherichia coli, using whole-genome metagenomic sequencing at 500-generation intervals through 60,000 generations. Despite a declining rate of fitness gain, molecular evolution continues to be characterized by signatures of rapid adaptation, with multiple beneficial variants simultaneously competing for dominance in each population. Interactions between ecological and evolutionary processes play an important role, as long-term quasi-stable coexistence arises spontaneously in most populations, and evolution continues within each clade. We also present new evidence that the targets of natural selection change over time, as epistasis and historical contingency alter the strength of selection on different genes. Together, these results show that long-term adaptation to a constant environment can be a more complex and dynamic process than is often assumed.
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影响因子：
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作者：
Kvitek DJ;Sherlock G
通讯作者：
Sherlock G
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通讯作者：
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2.9
作者：
LENSKI, RE;ROSE, MR;TADLER, SC
通讯作者：
TADLER, SC
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Nik-Zainal S;Van Loo P;Wedge DC;Alexandrov LB;Greenman CD;Lau KW;Raine K;Jones D;Marshall J;Ramakrishna M;Shlien A;Cooke SL;Hinton J;Menzies A;Stebbings LA;Leroy C;Jia M;Rance R;Mudie LJ;Gamble SJ;Stephens PJ;McLaren S;Tarpey PS;Papaemmanuil E;Davies HR;Varela I;McBride DJ;Bignell GR;Leung K;Butler AP;Teague JW;Martin S;Jönsson G;Mariani O;Boyault S;Miron P;Fatima A;Langerød A;Aparicio SA;Tutt A;Sieuwerts AM;Borg Å;Thomas G;Salomon AV;Richardson AL;Børresen-Dale AL;Futreal PA;Stratton MR;Campbell PJ;Breast Cancer Working Group of the International Cancer Genome Consortium
通讯作者：
Breast Cancer Working Group of the International Cancer Genome Consortium
在大肠杆菌的长期进化实验中，适应性轨迹的持续健身和适应性轨迹的可变性。
DOI：
10.1098/rspb.2015.2292
发表时间：
2015-12-22
期刊：
Proceedings. Biological sciences
影响因子：
--
作者：
Lenski RE;Wiser MJ;Ribeck N;Blount ZD;Nahum JR;Morris JJ;Zaman L;Turner CB;Wade BD;Maddamsetti R;Burmeister AR;Baird EJ;Bundy J;Grant NA;Card KJ;Rowles M;Weatherspoon K;Papoulis SE;Sullivan R;Clark C;Mulka JS;Hajela N
通讯作者：
Hajela N