木麻黄EST 序列中SSR 的分布特征及有效SSR 标记的筛选
木麻黄EST 序列中SSR 的分布特征及有效SSR 标记的筛选
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DOI：
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
韩强
中科院分区：
文献类型：
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作者：
胡盼;仲崇禄;张勇;姜清彬;陈羽;陈珍;韩强
从NCBI 的EST 数据库中获得的木麻黄EST 序列共有34 752 条，进行拼接后得到全长7 278． 578 kb 的非冗余序列( Unigene) 12 062 条，并从中检索得到分布于353 条Unigene 的367 个SSＲ 位点，SSＲ 检出率为2． 93%，平均分布距离为19． 83 kb，包括39 种重复基序类型。其中，以二核苷酸和三核苷酸为主要类型，在总SSＲs 中所占比例分别为57． 77%和34． 60%; 而二核苷酸重复基序中，AG/CT 所占比例最高，为93． 87%; 在三核苷酸重复基AAG/CTT 所占比例最高，为44． 09%。对检索出的EST － SSＲ 位点设计得到97 对引物，其中32 对为可有效扩增引物。Blastx 分析发现77． 3%的含SSＲ 位点的EST 序列与非冗余蛋白序列数据库中功能序列具有同源性，而功能已知的序列中葡萄来源的序列占有最大比例( 10． 4%) 。GO 功能分类发现，含有SSＲ 位点的EST 序列中有47. 3%至少具有1 个GO 注释，归入细胞组分的序列最多，而其中细胞质和细胞核的功能项所占比例较大。