The 'PhenoBox', a flexible, automated, open-source plant phenotyping solution.
The 'PhenoBox', a flexible, automated, open-source plant phenotyping solution.
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“苯托物”是一种柔性，自动化的开源植物表型解决方案。
DOI：
10.1111/nph.15129
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发表时间：
2018-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Djamei A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Czedik-Eysenberg A;Seitner S;Güldener U;Koemeda S;Jez J;Colombini M;Djamei A
基础研究和植物育种需要灵活和负担得起的植物表型解决方案。我们展示了我们的开源植物成像和处理解决方案（' PhenoBox ' / ' PhenoPipe '），并提供了重建系统的建设计划，源代码和文档。利用表型box研究了模式草短柄草（Brachypodium distachyon）受玉米黑穗病菌黑穗病菌（Ustilago bromivora）侵染的情况，比较了玉米对一种玉米黑穗病菌（Ustilago maydis）菌株和效应缺失菌株侵染的表型反应，并研究了benthamiana对盐胁迫的反应。在溴酸镰刀菌感染的草中，感染植株和未感染植株之间的表型差异在定性头黑穗病症状出现前几周就可以检测到。在此基础上，可以较准确地预测单株的侵染结果。使用PhenoPipe模块计算表型数据的多维距离，我们观察了感染后一段时间内美国稻瘟菌效应缺失菌株对玉米表型反应的影响。PhenoBox/PhenoPipe系统能够检测benthamiana中已建立的盐胁迫反应。我们开发了一种经济、自动化、开源的成像和数据处理解决方案，可以适应植物生物学和其他领域的各种表型应用。
There is a need for flexible and affordable plant phenotyping solutions for basic research and plant breeding. We demonstrate our open source plant imaging and processing solution (‘PhenoBox’/‘PhenoPipe’) and provide construction plans, source code and documentation to rebuild the system. Use of the PhenoBox is exemplified by studying infection of the model grass Brachypodium distachyon by the head smut fungus Ustilago bromivora, comparing phenotypic responses of maize to infection with a solopathogenic Ustilago maydis (corn smut) strain and effector deletion strains, and studying salt stress response in Nicotiana benthamiana. In U. bromivora‐infected grass, phenotypic differences between infected and uninfected plants were detectable weeks before qualitative head smut symptoms. Based on this, we could predict the infection outcome for individual plants with high accuracy. Using a PhenoPipe module for calculation of multi‐dimensional distances from phenotyping data, we observe a time after infection‐dependent impact of U. maydis effector deletion strains on phenotypic response in maize. The PhenoBox/PhenoPipe system is able to detect established salt stress responses in N. benthamiana. We have developed an affordable, automated, open source imaging and data processing solution that can be adapted to various phenotyping applications in plant biology and beyond.
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影响因子：
5.4
作者：
Cobb, Joshua N.;DeClerck, Genevieve;Greenberg, Anthony;Clark, Randy;McCouch, Susan
通讯作者：
McCouch, Susan
影响因子：
5.7
作者：
Cheplick, Gregory P.
通讯作者：
Cheplick, Gregory P.
影响因子：
8.3
作者：
Chene, Yann;Rousseau, David;Chapeau-Blondeau, Francois
通讯作者：
Chapeau-Blondeau, Francois
影响因子：
7.4
作者：
Horst, Robin J.;Doehlemann, Gunther;Voll, Lars M.
通讯作者：
Voll, Lars M.
DOI：
10.1016/j.actao.2009.01.009
发表时间：
2009-05-01
影响因子：
1.8
作者：
Gallart, Montserrat;Teresa Mas, M.;Verdu, Antoni M. C.
通讯作者：
Verdu, Antoni M. C.