利用转录组测序筛选与鸭青壳性状形成相关的基因
利用转录组测序筛选与鸭青壳性状形成相关的基因
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发表时间：
2016
期刊：
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通讯作者：
陈黎
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作者：
陈黎
青壳性状是鸭(Anas platyrhynchos domesticus)重要的经济性状，但其遗传机制尚未揭晓。为研究.鸭青壳性状形成的转录组基础，本研究通过测交法选育出基因型为纯合青壳以及纯合白壳绍兴鸭，并对两.种基因型个体子宫组织进行转录组测序。本研究共获得288 008 582个高质量数据，组装出64 587个转录.本，其中包括19 589 个新转录本。鉴定20 302 次可变剪切事件，其中外显子跳跃是最主要的可变剪切类.型。表达分析发现1 768个基因在两种基因型个体间差异表达，其中包括与蛋壳主要色素物质(原卟啉、胆.绿素及其螯合物)相关的基因，例如胆绿素还原酶A基因(biliverdin reductase A, BLVRA)、尿卟啉原Ⅲ合酶.基因(uroporphyrinogen Ⅲsynthase, UROS)、血红蛋白α亚基基因(hemoglobin subunit alpha-1, HBA1)以及血.红素绑定蛋白1基因(heme binding protein 1, HEBP1)等。差异基因的基因本体(Gene Ontology, GO)注释以.及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路分析表明这些基因.涉及广泛的生物功能及通路，其中与蛋壳颜色形成密切相关的有血红素代谢功能(例如, 血红素绑定以及.四吡咯绑定)及胆汁代谢通路(例如, 胆汁酸合成通路，胆汁分泌通路)。本研究首次探索了鸭蛋壳颜色形成.的转录组基础，获得了一批差异表达基因，这些基因为进一步研究鸭蛋壳颜色形成的遗传机制提供了有价.值的信息。