Profiling Open Chromatin Structure in the Ovarian Somatic Cells Using ATAC-seq
Profiling Open Chromatin Structure in the Ovarian Somatic Cells Using ATAC-seq
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使用 ATAC-seq 分析卵巢体细胞中的开放染色质结构
DOI：
10.1007/978-1-4939-7339-2_11
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Siomi H.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Murano K;Iwasaki YW;Siomi H.
转座酶可及染色质测序法(ATAC-SEQ)是最近建立的一种分析开放染色质的方法，它克服了DNase/MNase-SEQ方法的样本量限制。为了研究Piwi在转座元件基因座周围异染色质形成中的作用，我们使用ATAC-SEQ检测了果蝇培养细胞系卵巢体细胞(OSCs)中目标转座元件的染色质可及性。在本章中，我们描述了使用ATAC-SEQ分析OSCs中开放染色质结构的方法。
Theassay fortransposase-accessiblechromatin usingsequencing (ATAC-seq) was recently established as a method to profile open chromatin, which overcomes the sample size limitations of the alternative methods DNase/MNase-seq. To investigate the role of Piwi in heterochromatin formation around transposable element loci, we have used ATAC-seq to examine chromatin accessibility at target transposable elements in aDrosophilacultured cell line, ovarian somatic cells (OSCs). In this chapter, we describe our method to profile open chromatin structure in OSCs using ATAC-seq.