Genome sequence-independent identification of RNA editing sites.
Genome sequence-independent identification of RNA editing sites.
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DOI：
10.1038/nmeth.3314
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发表时间：
2015-04
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Xiao, Xinshu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Qing;Xiao, Xinshu
高通量RNA测序（RNA-Seq）提供了单核苷酸信息，使其成为预测RNA编辑组的有力工具。一种新方法GIREMI使用单个RNA-Seq数据集准确灵敏地预测RNA编辑组（主要是A到I编辑），该方法不需要样品特定的基因组序列数据或高测序深度。使用GIREMI，我们观察到普遍的RNA编辑的组织特异性和有趣的进化模式的编辑位点在人类群体。
High-throughput RNA sequencing (RNA-Seq) provides single-nucleotide information that makes it a powerful tool for prediction of RNA editome. A new method, GIREMI, predicts RNA editomes (mainly A-to-I editing) accurately and sensitively using a single RNA-Seq data set, which does not require sample-specific genome sequence data or high sequencing depth. Using GIREMI, we observed prevailing tissue-specificity of RNA editing and interesting evolutionary patterns of editing sites in human population.
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