Protein Structure Refinement through Structure Selection and Averaging from Molecular Dynamics Ensembles.
Protein Structure Refinement through Structure Selection and Averaging from Molecular Dynamics Ensembles.
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通过分子动力学系综的结构选择和平均来细化蛋白质结构。
DOI：
10.1021/ct300962x
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发表时间：
2013-02-12
影响因子：
5.5
通讯作者：
Feig, Michael
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mirjalili, Vahid;Feig, Michael
描述了一种基于分子动力学（MD）模拟的用于基于模板的模型预测的结构细化的协议。该协议涉及的应用程序的限制，合奏平均选定的子集，初始和细化结构之间的插值，并评估细化成功。据发现，亚微秒MD为基础的采样时，结合合奏平均可以产生温和的，但一致的改进，在这里考虑的CASP目标的大多数系统。
A molecular dynamics (MD) simulation based protocol for structure refinement of template-based model predictions is described. The protocol involves the application of restraints, ensemble averaging of selected subsets, interpolation between initial and refined structures, and assessment of refinement success. It is found that sub-microsecond MD-based sampling when combined with ensemble averaging can produce moderate but consistent refinement for most systems in the CASP targets considered here.
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影响因子：
5.6
作者：
Kim DE;Blum B;Bradley P;Baker D
通讯作者：
Baker D
影响因子：
2.9
作者：
Joo, Keehyoung;Lee, Jinwoo;Lee, Jooyoung
通讯作者：
Lee, Jooyoung
影响因子：
5.5
作者：
Best, Robert B.;Zhu, Xiao;Shim, Jihyun;Lopes, Pedro E. M.;Mittal, Jeetain;Feig, Michael;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
DOI：
10.1073/pnas.0810818105
发表时间：
2008-12-23
影响因子：
11.1
作者：
Chopra, Gaurav;Summa, Christopher M.;Levitt, Michael
通讯作者：
Levitt, Michael
影响因子：
3
作者：
BROOKS, BR;BRUCCOLERI, RE;KARPLUS, M
通讯作者：
KARPLUS, M