Step‐by‐Step Pipeline for the Ecological Analysis of Endophytic Fungi using ITS nrDNA Data
Step‐by‐Step Pipeline for the Ecological Analysis of Endophytic Fungi using ITS nrDNA Data
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使用 ITS nrDNA 数据对内生真菌进行生态分析的逐步流程
DOI：
10.1002/cpmc.96
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发表时间：
2020
影响因子：
--
通讯作者：
Chaverri, Priscila
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Montero‐Vargas, Maripaz;Escudero‐Leyva, Efraín;Díaz‐Valerio, Stefani;Chaverri, Priscila
核糖体DNA内转录间隔区(ITS)被认为是鉴定真菌样品的遗传标记或条形码。在这里，我们提出了一个分析真菌ITS数据的协议，从原始序列的质量预处理到操作分类单元(OTU)的识别、分类和功能性状的分配。这一渠道依赖于完善的和手动管理的数据收集，即联合数据库和FUNGuild脚本。作为一个例子，分析了可培养内生真菌的真实ITS数据，对每个步骤、参数和下游分析提供了详细的描述，并对序列和指定的生态角色进行了系统发育分析。这篇文章构成了一份全面的指南，供对真菌群落的进一步生态学研究中所需的基本步骤的生物信息学分析知之甚少的研究人员使用。©2020 John Wiley&Sons，Inc.基本协议1：原始测序数据处理支持协议：建立BLAST数据库基本协议2：从数据库获取信息基本协议3：系统发育分析
The nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) is accepted as the genetic marker or barcode of choice for the identification of fungal samples. Here, we present a protocol to analyze fungal ITS data, from quality preprocessing of raw sequences to identification of operational taxonomic units (OTUs), taxonomic classification, and assignment of functional traits. The pipeline relies on well‐established and manually curated data collections, namely the UNITE database and the FUNGuild script. As an example, real ITS data from culturable endophytic fungi were analyzed, providing detailed descriptions for every step, parameter, and downstream analysis, and finishing with a phylogenetic analysis of the sequences and assigned ecological roles. This article constitutes a comprehensive guide for researchers that have little familiarity with bioinformatic analysis of essential steps required in further ecological studies of fungal communities. © 2020 by John Wiley & Sons, Inc.Basic Protocol 1: Raw sequencing data processingSupport Protocol: Building a BLAST databaseBasic Protocol 2: Obtaining information from databasesBasic Protocol 3: Phylogenetic analysis
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
解决不确定性：如何保护和管理稀有或鲜为人知的真菌
影响因子：
2.9
作者：
R. Molina;T. Horton;J. Trappe;B. Marcot
通讯作者：
B. Marcot
DOI：
10.1007/978-94-007-1599-8_2
发表时间：
2011
期刊：
The New phytologist
影响因子：
--
作者：
M. Unterseher
通讯作者：
M. Unterseher
影响因子：
14.9
作者：
Altschul, SF;Madden, TL;Lipman, DJ
通讯作者：
Lipman, DJ
树木内生菌和木材生物降解
DOI：
--
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
作者：
Jaime Rodriguez;J. Elissetche;S. Valenzuela
通讯作者：
S. Valenzuela