FAF-Drugs3: a web server for compound property calculation and chemical library design.
FAF-Drugs3: a web server for compound property calculation and chemical library design.
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DOI：
10.1093/nar/gkv353
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Villoutreix BO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lagorce D;Sperandio O;Baell JB;Miteva MA;Villoutreix BO
药物在临床前或临床开发后期的损耗是药物发现领域中的严重经济问题。这些问题可以部分地与命中生成阶段期间使用的化合物集合的质量以及经历优化的化合物的选择相关联。在这里，我们提出了FAF药物3，一个网络服务器，可用于药物发现和化学生物学项目，以帮助准备化合物库，并协助决策在命中选择/铅优化阶段。自2006年首次描述以来，FAF药物已被显著修改。该工具现在应用了增强的结构管理程序，可以使用用户定义的或八个预定义的物理化学过滤器以及几个简单的ADMET（吸收，分布，代谢，排泄和毒性）规则过滤或分析分子。此外，还可以使用154个手动结构警报的更新列表过滤化合物，同时还可以研究泛测定干扰化合物（PAINS）和其他通常不需要的基团。FAF-Drugs 3提供对用户友好的html结果页面的访问，并可以下载所有计算数据。服务器需要输入化合物的SDF文件;它对所有用户开放，无需在http://fafdrugs3.mti.univ-paris-diderot.fr注册即可访问。
Drug attrition late in preclinical or clinical development is a serious economic problem in the field of drug discovery. These problems can be linked, in part, to the quality of the compound collections used during the hit generation stage and to the selection of compounds undergoing optimization. Here, we present FAF-Drugs3, a web server that can be used for drug discovery and chemical biology projects to help in preparing compound libraries and to assist decision-making during the hit selection/lead optimization phase. Since it was first described in 2006, FAF-Drugs has been significantly modified. The tool now applies an enhanced structure curation procedure, can filter or analyze molecules with user-defined or eight predefined physicochemical filters as well as with several simple ADMET (absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity) rules. In addition, compounds can be filtered using an updated list of 154 hand-curated structural alerts while Pan Assay Interference compounds (PAINS) and other, generally unwanted groups are also investigated. FAF-Drugs3 offers access to user-friendly html result pages and the possibility to download all computed data. The server requires as input an SDF file of the compounds; it is open to all users and can be accessed without registration at http://fafdrugs3.mti.univ-paris-diderot.fr.
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