Charge transfer through a fragment of the respiratory complex I and its regulation: an atomistic simulation approach.
Charge transfer through a fragment of the respiratory complex I and its regulation: an atomistic simulation approach.
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通过呼吸复合物 I 片段的电荷转移及其调节：原子模拟方法。
DOI：
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Thorsten Koslowski
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Sehee Na;S. Jurkovic;T. Friedrich;Thorsten Koslowski
我们模拟电子转移内的一个片段的NADH：泛醌氧化还原酶（呼吸复合物I）的超嗜热菌Aquifex aeolicus。我们应用分子动力学模拟，热力学积分，和热力学网络最小二乘分析计算两个关键参数的马库斯理论的电荷转移，热力学驱动力和重组能量。通过对实验氧化还原滴定数据进行校准，可以获得分子内对电子和氢转移过程的吉布斯自由能差ΔG的贡献。这种方法允许计算的物种NAD+，FMNH 2，N1 a-，和N3-之间的相互作用，和一个自由能表面的碎片内的电子流的建设。我们发现NAD+是电荷转移调节的强有力的候选者。
We simulate electron transfer within a fragment of the NADH:ubiquinone oxidoreductase (respiratory complex I) of the hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus. We apply molecular dynamics simulations, thermodynamic integration, and a thermodynamic network least squares analysis to compute two key parameters of Marcus' theory of charge transfer, the thermodynamic driving force and the reorganization energy. Intramolecular contributions to the Gibbs free energy differences of electron and hydrogen transfer processes, ΔG, are accessed by calibrating against experimental redox titration data. This approach permits the computation of the interactions between the species NAD+, FMNH2, N1a-, and N3-, and the construction of a free energy surface for the flow of electrons within the fragment. We find NAD+ to be a strong candidate for the regulation of charge transfer.
影响因子：
56.9
作者：
Zickermann, Volker;Wirth, Christophe;Brandt, Ulrich
通讯作者：
Brandt, Ulrich
影响因子：
4.3
作者：
Medvedev, Emile S.;Couch, Vernon A.;Stuchebrukhov, Alexei A.
通讯作者：
Stuchebrukhov, Alexei A.