Energetics of ligand binding to the DNA minor groove.
Energetics of ligand binding to the DNA minor groove.
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配体与 DNA 小沟结合的能量。
DOI：
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
M. Evstigneev
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
V. Kostjukov;A. H. Hernández Santiago;Fernando Rojas Rodriguez;Salvador Rosas Castilla;J. Parkinson;M. Evstigneev
在目前的工作中，对于结构和电荷状态均不同的九个DNA小沟结合物（MGB配体）组，完成了配体-DNA结合的总吉布斯自由能分解到各种物理项上。分解协议包括对已知有助于络合过程的最完整的一组物理因素的分析，即。自由度的净变化（化学键的平移、旋转、振动以及结合位点内配体整体的振动）、构象熵、范德华、静电和疏水相互作用、聚电解质贡献以及氢键数量变化的净效应。所有这些过程进一步分解为与溶剂的相互作用以及配体与DNA的相互作用。分解的主要结果是可以对各种物理项的能量贡献进行比较分析，并为有关哪些物理因素使 MGB 配体与 DNA 的复合物稳定或不稳定的问题提供答案。
In the present work the decomposition of the total Gibbs free energy of ligand-DNA binding onto various physical terms was accomplished for the group of nine DNA minor groove binders (MGB ligands) differing in both structure and charge state. The decomposition protocol includes the analysis of the most complete set of physical factors known to contribute to the complexation process, viz. the net change in the number of degrees of freedom (translational, rotational, vibrations of the chemical bonds and vibrations of the ligand as a whole within the binding site), the conformational entropy, van der Waals, electrostatic and hydrophobic interactions, the polyelectrolyte contribution and the net effect of changes in the number of hydrogen bonds. All of these processes are further decomposed into the interaction with the solvent and the interaction of the ligand with DNA. The principal outcome of the decomposition is the possibility of performing a comparative analysis of the energetic contribution of various physical terms and provide an answer to the question concerning what physical factors stabilize or destabilize the complexes of MGB ligands with DNA.
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DOI：
10.1073/pnas.91.16.7673
发表时间：
1994
影响因子：
11.1
作者：
Singh,SB;Wemmer,DE;Kollman,PA
通讯作者：
Kollman,PA
影响因子：
3.9
作者：
Chaires, Jonathan B.
通讯作者：
Chaires, Jonathan B.
DOI：
10.1073/pnas.92.10.4691
发表时间：
1995-05-09
影响因子：
11.1
作者：
MISRA, VK;HONIG, B
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