Virtual microfluidics for digital quantification and single-cell sequencing.
Virtual microfluidics for digital quantification and single-cell sequencing.
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DOI：
10.1038/nmeth.3955
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发表时间：
2016-09
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Blainey, Paul C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu, Liyi;Brito, Ilana L.;Alm, Eric J.;Blainey, Paul C.
对单分子和单细胞高度并行化分析的兴趣正在迅速增长。在此，我们开发了基于水凝胶的虚拟微流控技术，作为复杂的工程微流控系统的一种简便替代方案，用于核酸扩增反应的分区。我们在虚拟微流控系统中对纯化的DNA模板、培养的细菌细胞以及人类微生物组样本进行了数字多重置换扩增（dMDA），并展示了单细胞MDA产物的回收及全基因组测序。与从传统液体MDA反应获得的单细胞数据相比，我们对对照样本的研究结果显示出极佳的覆盖均匀性，且嵌合体现象显著减少。我们还证明了水凝胶方法在人类微生物组样本中天然存在的微生物基因组研究方面的适用性。虚拟微流控方法是一种简单且可靠的方法，将使众多实验室能够开展单细胞基因组分析。
Interest in highly parallelized analysis of single molecules and single cells is growing rapidly. Here we develop hydrogel-based virtual microfluidics as a simple alternative to complex engineered microfluidic systems for the compartmentalization of nucleic acid amplification reactions. We applied digital multiple displacement amplification (dMDA) to purified DNA templates, cultured bacterial cells, and human microbiome samples in the virtual microfluidics system and demonstrated recovery and whole-genome sequencing of single-cell MDA products. Our results from control samples showed excellent coverage uniformity and markedly reduced chimerism compared with single-cell data obtained from conventional liquid MDA reactions. We also demonstrate the applicability of the hydrogel method for genomic studies of naturally occurring microbes in human microbiome samples. The virtual microfluidics approach is a simple and robust method that will enable many laboratories to perform single-cell genomic analyses.
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影响因子：
4.5
作者：
Marcy, Yann;Ishoey, Thomas;Lasken, Roger S.;Stockwell, Timothy B.;Walenz, Brian P.;Halpern, Aaron L.;Beeson, Karen Y.;Goldberg, Susanne M. D.;Quake, Stephen R.
通讯作者：
Quake, Stephen R.
影响因子：
14.9
作者：
Mitra, Robi D.;Church, George M.
通讯作者：
Church, George M.
影响因子：
4.4
作者：
Raghunathan, A;Ferguson, HR;Lasken, RS
通讯作者：
Lasken, RS
影响因子：
14.8
作者：
Mazutis, Linas;Gilbert, John;Ung, W. Lloyd;Weitz, David A.;Griffiths, Andrew D.;Heyman, John A.
通讯作者：
Heyman, John A.
影响因子：
3.5
作者：
Lasken, Roger S;Stockwell, Timothy B
通讯作者：
Stockwell, Timothy B