A method of large DNA fragment enrichment for nanopore sequencing in region 22q11.2.
A method of large DNA fragment enrichment for nanopore sequencing in region 22q11.2.
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DOI：
10.3389/fgene.2022.959883
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发表时间：
2022
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wang, Xin-Rui
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lei, Yu-Qing;Xu, Liang-Pu;Cao, Hua;Wang, Xin-Rui
关键词：
背景：22q11.2 缺失综合征 (22q11.2DS) 是一种因 22 号染色体一小部分缺失而引起的疾病。目前的诊断方法是通过染色体微阵列分析或其他基因组分析来鉴定染色体 22q11.2 上的杂合缺失。然而，更准确地识别断点有助于更清楚地了解 22q11.2 缺失综合征。 方法：在本研究中，我们提出了一种可行的22q11.2缺失的纳米孔测序方法。这种 DNA 富集方法——区域特异性扩增 (RSA)——能够通过对可能存在断点的大约 1 Mb 区域进行特异性扩增来分析 22q11.2 缺失。 RSA 通过 Y 形接头连接和单引物延伸将通用引物引入目标区域 DNA。富集的产物通过通用引物扩增完成，然后通过标准 ONT 连接测序方案进行处理。 结果：RSA 能够在整个 22q11.2 区域提供足够的覆盖率 (>98%) 和相当的长读段（平均长度 >1 Kb）。来自三个脐带血样本的长纳米孔测序读数有助于识别 22q11.2 缺失的断点以及桑格测序。 结论：Oxford Nanopore MinION测序仪可以使用RSA对目标区域22q11.2进行测序；该方法也可用于基因组的其他难以测序的部分。
Background: 22q11.2 deletion syndrome (22q11.2DS) is a disorder caused when a small part of chromosome 22 is missing. Diagnosis is currently established by the identification of a heterozygous deletion at chromosome 22q11.2 through chromosomal microarray analysis or other genomic analyses. However, more accurate identification of the breakpoint contributes to a clearer understanding of the 22q11.2 deletion syndrome. Methods: In this study, we present a feasible nanopore sequencing method of 22q11.2 deletion. This DNA enrichment method—region-specific amplification (RSA)—is able to analyze the 22q11.2 deletion by specific amplification of an approximately 1-Mb region where the breakpoint might exist. RSA introduces universal primers into the target region DNA by a Y-shaped adaptor ligation and a single primer extension. The enriched products, completed by amplification with universal primers, are then processed by standard ONT ligation sequencing protocols. Results: RSA is able to deliver adequate coverage (>98%) and comparable long reads (average length >1 Kb) throughout the 22q11.2 region. The long nanopore sequencing reads, derived from three umbilical cord blood samples, have facilitated the identification of the breakpoint of the 22q11.2 deletion, as well as by Sanger sequencing. Conclusion: The Oxford Nanopore MinION sequencer can use RSA to sequence the target region 22q11.2; this method could also be used for other hard-to-sequence parts of the genome.
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作者：
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作者：
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