SynBiopython: an open-source software library for Synthetic Biology
SynBiopython: an open-source software library for Synthetic Biology
复制标题
DOI：
10.1093/synbio/ysab001
复制
发表时间：
2021-02-22
影响因子：
3.2
通讯作者：
Poh CL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yeoh JW;Swainston N;Vegh P;Zulkower V;Carbonell P;Holowko MB;Peddinti G;Poh CL
合成生物学实验室在硬件自动化方面的进步还不能完全与其软件同行的进步相媲美。这类自动化实验室现在通常被称为生物实验室，需要软件解决方案来帮助完成许多专门的任务，如批量DNA设计、样本和数据跟踪以及数据分析等。通常情况下，生物工厂面临的许多挑战都是共享的，但在许多实验室并行开发类似软件解决方案的情况下，轮子改造频繁。在本文中，我们将首次尝试创建标准化的开放源码的Python包。将整合和开发一些工具，我们预计这些工具将成为全球生物工厂软件开发项目的明显起点。具体地说，我们描述了现有软件的现状，给出了常见问题的使用场景和案例研究，最后描述了未来的开发计划。Synbiopython.com可在以下网址公开获得：http://synbiopython.org.
Advances in hardware automation in synthetic biology laboratories are not yet fully matched by those of their software counterparts. Such automated laboratories, now commonly called biofoundries, require software solutions that would help with many specialized tasks such as batch DNA design, sample and data tracking, and data analysis, among others. Typically, many of the challenges facing biofoundries are shared, yet there is frequent wheel-reinvention where many labs develop similar software solutions in parallel. In this article, we present the first attempt at creating a standardized, open-source Python package. A number of tools will be integrated and developed that we envisage will become the obvious starting point for software development projects within biofoundries globally. Specifically, we describe the current state of available software, present usage scenarios and case studies for common problems, and finally describe plans for future development. SynBiopython is publicly available at the following address: http://synbiopython.org.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1016/j.biosystems.2018.07.006
发表时间：
2018-09
期刊：
Bio Systems
影响因子：
--
作者：
Choi K;Medley JK;König M;Stocking K;Smith L;Gu S;Sauro HM
通讯作者：
Sauro HM
影响因子：
3
作者：
Bergmann FT;Adams R;Moodie S;Cooper J;Glont M;Golebiewski M;Hucka M;Laibe C;Miller AK;Nickerson DP;Olivier BG;Rodriguez N;Sauro HM;Scharm M;Soiland-Reyes S;Waltemath D;Yvon F;Le Novère N
通讯作者：
Le Novère N
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
4.7
作者：
Cardoso, Joao G. R.;Jensen, Kristian;Sonnenschein, Nikolaus
通讯作者：
Sonnenschein, Nikolaus
DOI：
10.1007/978-1-4939-6343-0_8
发表时间：
2017-01-01
期刊：
SYNTHETIC DNA: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Chandran, Sunil
通讯作者：
Chandran, Sunil