利用生物信息学分析甲状腺髓样癌和乳头状癌的差异表达miRNA
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DOI：
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
蒋文涛
中科院分区：
文献类型：
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作者：
高婧雅;于杨;谢炎;张骊;田大治;李俊杰;郭庆军;蒋文涛
目的 利用生物信息学分析甲状腺髓样癌和乳头状癌的差异表达 miRNA，并分析与患者预后相关的差异 miRNA。方法 利用 GEOquery 分析甲状腺髓样癌数据集 GSE40807 和 GSE97070，乳头状癌数据集 GSE73182 和 GSE113629 的差异表达miRNA，分别利用韦恩图寻找共同差异miRNA，分析甲状腺髓样癌和乳头状癌差异表达miRNA 的差别。利用 on-comiR 网站分析甲状腺乳头状癌差异表达 miRNA 患者生存情况。明确与甲状腺乳头状癌患者生存相关的 miRNA，应用miRDB，miRTarBase 和 TargetScanHuman 7．2 预测差异表达 miRNA 的靶基因，利用韦恩图寻找共同差异靶基因，进行富集分析。结果 通过分析发现甲状腺乳头状癌的共同差异 miRNA 分别是下调的 hsa－miR－144－3p、hsa－miR－204－5p 、hsa－miR－451a、hsa－miR－7－5p 和上调的 hsa－miR－146b－5p、hsa－miR－15a－5p、hsa－miR－181a－5p、hsa－miR－21－5p、hsa－miR.－221－3p、hsa－miR－222－3p、hsa－miR－34a－5p、hsa－miR－551b－3p; 甲状腺髓样癌的共同差异 miRNA 分别是下调的 hsa－miR－630 和上调的 hsa－miR－375、hsa－miR－429 、hsa－miR－127－3p、hsa－miR－487b、hsa－miR－410。oncomiR 网站分析 hsa－miR－146b－5p 与甲状腺乳头状癌患者生存相关。通过 miRDB，miRTarBase and TargetScanHuman 7．2 分析共发现 11 个差异靶基因，GO 功能分析发现 PPP1R11 /TRAF6 /ZNRF3 聚集在泛素蛋白连接酶活性和泛素样蛋白连接酶活性等分子功能上。KEGG 通路分析差异靶基因主要集中在 MAPK 信号通路上。结论 Hsa－miR－146b－5p 可能通过靶向 IRAK1 /ERBB4 /TRAF6 调控 MAPK 信号通路，影响甲状腺乳头状癌患者的长期生存，hsa－miR－146b－5p 可能成为甲状腺乳头状癌预后的预测靶标之一。