Computer analysis of double-labeled two-dimensional electrophoresis gels.

Computer analysis of double-labeled two-dimensional electrophoresis gels.
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双标记二维电泳凝胶的计算机分析。

DOI:
10.1016/0003-2697(85)90638-4
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发表时间:
1985
影响因子:
2.9
通讯作者:
DeLuca,HF
DeLuca,HF
中科院分区:
生物学4区
文献类型:
--
作者:
Bishop,CW;Kendrick,NC;Santek,DA;Thompson,RG;DeLuca,HF

文献摘要

参考文献

被引文献

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本文介绍了一种计算机自动分析双向聚丙烯酰胺凝胶电泳后双标记放射自显影的方法。由含有3H和14C标记的蛋白质的凝胶产生的匹配荧光照片和放射自显影照片由转鼓密度计数字化并由人机交互数据分析系统III分析。该系统通过边缘检测算法定位膜中相应的蛋白质点,通过参考标准曲线将点密度读数转换为同位素衰变,并计算凝胶中每个点的3H:14C比率。平均而言,对于含有3H和14C均匀混合物的聚丙烯酰胺凝胶测试条,计算的比率精确到约9%。对于含有n个蛋白质斑点且已知3H:14C比率为8.6 ± 0.1的二维凝胶,获得的值如下:8.1 ± 1.4(n = 268)、8.8 ± 2.1(n = 278)、9.1 ± 1.7(n = 245)和8.8 ± 2.2(n = 223)。计算机过程大大减少了精确比较两种复杂蛋白质混合物所需的时间,并具有足够的精度来检测任何单个蛋白质生物合成中的加倍。
A computerized process for the automatic analysis of double-label autoradiography after two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis has been developed. Matching fluorographs and autoradiographs produced from gels containing3H- and14C-labeled proteins are digitized by a rotating drum densitometer and analyzed by the Man-computer Interactive Data Analysis System III. This system locates corresponding protein spots in the films with edge-detection algorithms, converts spot density readings to isotopic disintegrations by reference to standard curves, and computes a3H:14C ratio for each spot in the gels. On the average, calculated ratios are accurate to approximately 9% for test strips of polyacrylamide gel containing uniform mixtures of3H and14C. Values obtained for two-dimensional gels containing n protein spots with a known3H:14C ratio of 8.6 ± 0.1 are as follows: 8.1 ± 1.4 (n = 268), 8.8 ± 2.1 (n = 278), 9.1 ± 1.7 (n = 245), and 8.8 ± 2.2 (n = 223). The computer process greatly reduces the time required to precisely compare two complex protein mixtures and has sufficient precision to detect a doubling in the biosynthesis of any individual protein.
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DOI: --
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